Создайте филогенетическое дерево из попарных расстояний
PhyloTree
= seqlinkage(Distances
)
PhyloTree
= seqlinkage(Distances
, Method
)
PhyloTree
= seqlinkage(Distances
, Method
, Names
)
Distances | Матрица или вектор из попарных расстояний, такой, как возвращено |
Method | Вектор символов или строка, которая задает метод расстояния. Выбор:
|
Names | Задает альтернативные метки для вершин. Выбор:
Элементы должны быть уникальными. Число элементов должно выполнить количество выборок, используемых, чтобы сгенерировать попарные расстояния в |
возвращает филогенетический древовидный объект в попарные расстояния, PhyloTree
= seqlinkage(Distances
)Distances
, между разновидностями или продуктами. Distances
матрица или вектор из попарных расстояний, такой, как возвращено seqpdist
функция.
создает филогенетический древовидный объект с помощью заданного принадлежащего отцам церкви метода расстояния. Доступные методы:PhyloTree
= seqlinkage(Distances
, Method
)
'single' | Самое близкое расстояние (один метод рычажного устройства) |
'complete' | Самое далекое расстояние (завершают метод рычажного устройства), |
'average' (значение по умолчанию) | Невзвешенное Парное Среднее значение Группового метода (UPGMA, среднее значение группы). |
'weighted' | Взвешенное парное среднее значение группового метода (WPGMA) |
'centroid' | Невзвешенный парный центроид группового метода (UPGMC) |
'median' | Взвешенный парный центроид группового метода (WPGMC) |
передает список уникальных имен, чтобы пометить вершины (например, разновидности или продукты) в филогенетическом древовидном объекте.PhyloTree
= seqlinkage(Distances
, Method
, Names
)
cluster
| phytree
| phytreewrite
| plot
| seqneighjoin
| seqpdist
| view