Запишите филогенетический древовидный объект в Newick-отформатированный файл
phytreewrite(
File
, Tree
)
phytreewrite(Tree
)
phytreewrite(..., 'Distances', DistancesValue
,
...)
phytreewrite(..., 'BranchNames', BranchNamesValue
,
...)
File | Вектор символов или строка, задающая Newick-отформатированный файл (текстовый ASCII-файл) имя, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. |
Tree | Филогенетический древовидный объект, любой созданный с phytree (функция конструктора Object) или импортированное использование phytreeread функция. |
phytreewrite(
копирует содержимое File
, Tree
)phytree
объект от рабочей области MATLAB® до файла. Данные в файле используют формат Newick для описания деревьев.
phytreewrite(
открывает диалоговое окно Save Phylogenetic Tree As для вас, чтобы ввести или выбрать имя файла.Tree
)
phytreewrite (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)phytreewrite
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
в одинарных кавычках. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
phytreewrite(..., 'Distances',
задает, исключить ли расстояния от выхода. DistancesValue
,
...)DistancesValue
может быть true
(значение по умолчанию) или false
.
phytreewrite(..., 'BranchNames',
задает, исключить ли имена ветви из выхода. BranchNamesValue
,
...)BranchNamesValue
может быть true
(значение по умолчанию) или false
.
Считайте древовидные данные из Newick-отформатированного файла.
tr = phytreeread('pf00002.tree') Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)
Удалите все белки мыши и просмотрите сокращенное дерево.
ind = getbyname(tr,'mouse'); tr = prune(tr,ind); view(tr)
Запишите сокращенные древовидные данные в файл.
phytreewrite('newtree.tree',tr)
multialignwrite
| phytree
| phytree object
| phytreeread
| phytreeviewer
| seqlinkage