Постройте свойства последовательности аминокислот
proteinpropplot (
SeqAA
)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'PropertyTitle', PropertyTitleValue
, ...)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'Startat', StartatValue
, ...)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'Endat', EndatValue
, ...)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'Smoothing', SmoothingValue
, ...)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'EdgeWeight', EdgeWeightValue
, ...)
proteinpropplot(SeqAA
,
...'WindowLength', WindowLengthValue
, ...)
SeqAA | Последовательность аминокислот. Введите любое следующее:
|
PropertyTitleValue | Вектор символов или строка, которая задает свойство построить. Значением по умолчанию является Hydrophobicity (Kyte & Doolittle) . Чтобы отобразить список свойств построить, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue . Например, тип:proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '') Совет К ссылкам доступа для свойств просмотрите |
StartatValue | Целое число, которое задает начальную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA . Значением по умолчанию является 1 . |
EndatValue | Целое число, которое задает конечную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA . Значением по умолчанию является длина ( . |
SmoothingValue | Вектор символов или строка задавание метода сглаживания. Выбор:
|
EdgeWeightValue | Значение, которое задает вес ребра, используемый для методов линейного и экспоненциального сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks в графике. Выбором является любое значение ≥0 и ≤1 . Значением по умолчанию является 1 . |
WindowLengthValue | Целое число, которое задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более сглаженный график, который показывает меньше детали. Значением по умолчанию является 11 . |
proteinpropplot (
отображает график гидрофобности (Kyte и Doolittle, 1982) остатков в последовательности SeqAA
)SeqAA
.
proteinpropplot (
вызовы SeqAA
PropertyName
', PropertyValue
, ...)proteinpropplot
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
proteinpropplot(
задает свойство построить для последовательности аминокислот SeqAA
,
...'PropertyTitle', PropertyTitleValue
, ...)SeqAA
. Значением по умолчанию является Hydrophobicity (Kyte & Doolittle)
. Чтобы отобразить список возможных свойств построить, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue
. Например, тип:
proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '')
Совет
К ссылкам доступа для свойств просмотрите proteinpropplot
файл.
proteinpropplot(
задает начальную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA
,
...'Startat', StartatValue
, ...)SeqAA
. Значением по умолчанию является 1
.
proteinpropplot(
задает конечную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA
,
...'Endat', EndatValue
, ...)SeqAA
. Значением по умолчанию является длина (
.SeqAA
)
proteinpropplot(
задает метод сглаживания. Выбор: SeqAA
,
...'Smoothing', SmoothingValue
, ...)
linear
(значение по умолчанию)
exponential
lowess
proteinpropplot(
задает вес ребра, используемый для методов линейного и экспоненциального сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks в графике. Выбором является любое значение SeqAA
,
...'EdgeWeight', EdgeWeightValue
, ...)≥0
и ≤1
. Значением по умолчанию является 1
.
proteinpropplot(
задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более сглаженный график, который показывает меньше детали. Значением по умолчанию является SeqAA
,
...'WindowLength', WindowLengthValue
, ...)11
.
Используйте getpdb
функция, чтобы получить последовательность белка.
prion = getpdb('1HJM', 'SEQUENCEONLY', true);
Постройте гидрофобность (Kyte и Doolittle, 1982) остатков в последовательности.
proteinpropplot(prion)
Используйте getgenpept
функция, чтобы получить последовательность белка.
s = getgenpept('aad50640');
Постройте конформационную настройку параллельной бета скрутке для остатков в последовательности.
proteinpropplot(s,'propertytitle','Parallel beta strand')
[1] Живот, J., и Doolittle, R.F. (1982). Простой метод для отображения символа водолечебницы белка. J молекулярная масса Biol 157 (1), 105–132.
aacount
| atomiccomp
| molviewer
| molweight
| pdbdistplot
| plotyy
| proteinplot
| ramachandran
| seqviewer