Возвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода
Map
= revgeneticcode
Map
= revgeneticcode(GeneticCode
)
Map
= revgeneticcode(...,
'Alphabet', AlphabetValue
, ...)
Map
= revgeneticcode(...,
'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue
,
...)
GeneticCode | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. Выбор:
|
ThreeLetterCodesValue | Управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата |
Map | Структура, содержащая противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Map структура содержит поле для каждой аминокислоты. |
возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Map
= revgeneticcodeMap
структура содержит поле для каждой аминокислоты.
возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для заданного генетического кода. Map
= revgeneticcode(GeneticCode
)GeneticCode
также:
Целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code
transl_table
(код) номер от веб-страницы NCBI, описывающей генетические коды:
Совет
Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
вызовы Map
= revgeneticcode (..., 'PropertyName
', PropertyValue
, ...)revgeneticcode
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. Map
= revgeneticcode(...,
'Alphabet', AlphabetValue
, ...)AlphabetValue
может быть 'DNA'
, который использует символы A
C
G
, и T
, или 'RNA'
, который использует символы A
C
G
, и U
. Значением по умолчанию является 'DNA'
.
управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата Map
= revgeneticcode(...,
'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue
,
...)Map
. ThreeLetterCodesValue
может быть true
для трехбуквенных кодов или false
для одного алфавитного кода. Значением по умолчанию является false
.
Генетический код
Номер кода | Кодовое название |
---|---|
1
| Standard |
2
| Vertebrate Mitochondrial |
3
| Yeast Mitochondrial |
4
| Mold , Protozoan , Coelenterate Mitochondrial , и Mycoplasma/Spiroplasma |
5
| Invertebrate Mitochondrial |
6
| Ciliate , Dasycladacean , и Hexamita Nuclear |
9
| Echinoderm Mitochondrial |
10
| Euplotid Nuclear |
11
| Bacterial и Plant Plastid |
12
| Alternative Yeast Nuclear |
13
| Ascidian Mitochondrial |
14
| Flatworm Mitochondrial |
15
| Blepharisma Nuclear |
16
| Chlorophycean Mitochondrial |
21
| Trematode Mitochondrial |
22
| Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23
| Thraustochytrium Mitochondrial |
Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Standard
генетический код.
map = revgeneticcode map = Name: 'Standard' A: {'GCT' 'GCC' 'GCA' 'GCG'} R: {'CGT' 'CGC' 'CGA' 'CGG' 'AGA' 'AGG'} N: {'AAT' 'AAC'} D: {'GAT' 'GAC'} C: {'TGT' 'TGC'} Q: {'CAA' 'CAG'} E: {'GAA' 'GAG'} G: {'GGT' 'GGC' 'GGA' 'GGG'} H: {'CAT' 'CAC'} I: {'ATT' 'ATC' 'ATA'} L: {'TTA' 'TTG' 'CTT' 'CTC' 'CTA' 'CTG'} K: {'AAA' 'AAG'} M: {'ATG'} F: {'TTT' 'TTC'} P: {'CCT' 'CCC' 'CCA' 'CCG'} S: {'TCT' 'TCC' 'TCA' 'TCG' 'AGT' 'AGC'} T: {'ACT' 'ACC' 'ACA' 'ACG'} W: {'TGG'} Y: {'TAT' 'TAC'} V: {'GTT' 'GTC' 'GTA' 'GTG'} Stops: {'TAA' 'TAG' 'TGA'} Starts: {'TTG' 'CTG' 'ATG'}
Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Формы, Простейшего животного, Coelenterate Митохондриальный, и генетический код Mycoplasma/Spiroplasma, с помощью алфавита РНК.
moldmap = revgeneticcode(4,'Alphabet','rna');
Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Плоского червя Митохондриальный генетический код, с помощью трехбуквенных кодов для имен полей в структуре возврата.
wormmap = revgeneticcode('Flatworm Mitochondrial',... 'ThreeLetterCodes',true);
[1] Веб-страница NCBI, описывающая генетические коды:
aa2nt
| aminolookup
| baselookup
| geneticcode
| nt2aa