Найдите коды нуклеотида, целые числа, имена и дополнения
baselookup
baselookup('Complement', SeqNT
)
baselookup('Code', CodeValue
)
baselookup('Integer', IntegerValue
)
baselookup('Name', NameValue
)
SeqNT | Последовательность (последовательности) нуклеотида, представленная одним из следующего:
Примечание Если вход является несколькими последовательностями, дополнение для каждой последовательности определяется независимо. |
CodeValue | Алфавитный код нуклеотида, представленный одним из следующего:
|
IntegerValue | Одно целое число, представляющее нуклеотид. Для допустимых целых чисел см. таблицу Nucleotide Lookup. |
NameValue | Имя нуклеотида, представленное одним из следующего:
|
baselookup
отображает таблицу кодов нуклеотида, целых чисел, имен и дополнений.
Поиск нуклеотида
Код | Целое число | Имя нуклеотида | Значение | Дополнение |
---|---|---|---|---|
A | 1
| Аденин | A | T |
C | 2
| Цитозин | C | G |
G | 3
| Гуанин | G | C |
T | 4
| Тимин | T | A |
U | 4
| Урацил | U | A |
R | 5
| Пурин | A или G | Y |
Y | 6
| Пиримидин | C или T | R |
K | 7
| Keto | G или T | M |
M | 8
| Аминопласт | A или C | K |
S | 9
| Сильное взаимодействие (3 связи H) | C или G | S |
W | 10
| Слабое взаимодействие (2 связи H) | A или T | W |
B | 11
| Не A | C или G или T | V |
D | 12
| Не C | A или G или T | H |
H | 13
| Не G | A или C или T | D |
V | 14
| Не T или U | A или C или G | B |
N X | 15
| Любой нуклеотид | A или C или G или T или U | N |
- | 16
| Разрыв неопределенной длины | Разрыв | - |
baselookup('Complement',
отображает дополнительную последовательность нуклеотида.SeqNT
)
baselookup('Code',
отображает соответствующее значение и имя нуклеотида. Для неоднозначных кодов нуклеотида (CodeValue
)R
Y
K
M
S
W
B
D
H
V
N
, и X
), имя нуклеотида является описательным именем.
baselookup('Integer',
отображает соответствующий алфавитный код, значение и имя нуклеотида. IntegerValue
)
baselookup('Name',
отображает соответствующий алфавитный код, значение, и имя нуклеотида или описательное имя. NameValue
)
aa2nt
| basecount
| codoncount
| dimercount
| geneticcode
| int2nt
| nt2aa
| nt2int
| revgeneticcode
| seqviewer