Преобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида
SeqNT
= aa2nt(SeqAA
)
SeqNT
=
aa2nt(SeqAA
, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue
,
...)
SeqNT
= aa2nt(SeqAA
,
...'Alphabet' AlphabetValue
, ...)
SeqAA | Одно из следующего:
Примеры: |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида. Выбор:
|
SeqNT | Последовательность нуклеотида задана вектором символов алфавитных кодов. |
преобразует последовательность аминокислот, заданную SeqNT
= aa2nt(SeqAA
)
, к последовательности нуклеотида, возвращенной в SeqAA
SeqNT
, использование стандартного генетического кода.
В общем случае отображение от аминокислоты до кодона нуклеотида не является взаимно-однозначным отображением. Для аминокислот с несколькими возможными кодонами нуклеотида эта функция случайным образом выбирает кодон, соответствующий той конкретной аминокислоте. Для неоднозначных символов B
и Z
, одна из аминокислот, соответствующих букве, выбрана случайным образом, и затем последовательность кодона выбрана случайным образом. Для неоднозначного символьного X
, последовательность кодона выбрана случайным образом из всех возможностей.
вызовы SeqNT
= aa2nt (SeqAA
PropertyName
', PropertyValue
, ...)aa2nt
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает генетический код, чтобы использовать при преобразовании последовательности аминокислот в последовательность нуклеотида. SeqNT
=
aa2nt(SeqAA
, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue
,
...)GeneticCodeValue
может быть целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является 1
или 'Standard'
. Аминокислоту к отображению кодона нуклеотида для Стандартного генетического кода показывают в таблице Standard Genetic Code.
Совет
Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
задает алфавит нуклеотида. SeqNT
= aa2nt(SeqAA
,
...'Alphabet' AlphabetValue
, ...)AlphabetValue
может быть 'DNA'
, который использует символы A
C
G
, и T
, или 'RNA'
, который использует символы A
C
G
, и U
. Значением по умолчанию является 'DNA'
.
Генетический код
Номер кода | Кодовое название |
---|---|
1
| Standard |
2
| Vertebrate Mitochondrial |
3
| Yeast Mitochondrial |
4
| Mold , Protozoan , Coelenterate Mitochondrial , и Mycoplasma/Spiroplasma |
5
| Invertebrate Mitochondrial |
6
| Ciliate , Dasycladacean , и Hexamita Nuclear |
9
| Echinoderm Mitochondrial |
10
| Euplotid Nuclear |
11
| Bacterial и Plant Plastid |
12
| Alternative Yeast Nuclear |
13
| Ascidian Mitochondrial |
14
| Flatworm Mitochondrial |
15
| Blepharisma Nuclear |
16
| Chlorophycean Mitochondrial |
21
| Trematode Mitochondrial |
22
| Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23
| Thraustochytrium Mitochondrial |
Стандартный генетический код
Имя аминокислоты | Код аминокислоты | Кодон нуклеотида |
---|---|---|
Аланин | A | GCT GCC GCA GCG |
Аргинин | R | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
Аспарагин | N | AAT AAC |
Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) | D | GAT GAC |
Цистеин | C | TGT TGC |
Glutamine | Q | CAA CAG |
Глутаминовая кислота (Глутамат) | E | GAA GAG |
Глицин | G | GGT GGC GGA GGG |
Гистидин | H | CAT CAC |
Изолейцин | I | ATT ATC ATA |
Лейцин | L | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
Лизин | K | AAA AAG |
Метионин | M | ATG |
Фенилаланин | F | TTT TTC |
Пролин | P | CCT CCC CCA CCG |
Серин | S | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
Треонин | T | ACT ACC ACA ACG |
Триптофан | W | TGG |
Тирозин | Y | TAT, TAC |
Valine | V | GTT GTC GTA GTG |
Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) | B | Случайный кодон от D и N |
Glutamine или Glutamic acid (Глутамат) | Z | Случайный кодон от E и Q |
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | Случайный кодон |
Остановка перевода | * | TAA TAG TGA |
Разрыв неопределенной длины | - | --- |
Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице) | ? | ??? |
aminolookup
| baselookup
| geneticcode
| nt2aa
| rand
| revgeneticcode
| seqviewer