Выполните фоновую корректировку на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью процедуры Устойчивого среднего значения мультимассивов (RMA)
BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(PMData
)
BackAdjustedMatrix
=
rmabackadj(..., 'Method', MethodValue
,
...)
BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(...,
'Truncate', TruncateValue
, ...)
BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(...,
'Showplot', ShowplotValue
, ...)
PMData | Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует идеальной паре (PM), зонд и каждый столбец соответствуют файлу Affymetrix® CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.) |
MethodValue | Задает метод оценки для фоновых параметров модели корректировки. Введите любой |
TruncateValue | Задает модель фонового шума. Введите любой |
ShowplotValue | Управляет графическим выводом гистограммы, показывающей распределение (синих) значений интенсивности зонда PM и замысловатая (красная) функция распределения вероятностей, предполагаемыми параметрами mu, сигмой и альфой. Введите любой |
BackAdjustedMatrix | Матрица настроенных фоном тестовых значений интенсивности. |
возвращается фон настроил значения тестовых значений интенсивности в матрице, BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(PMData
)PMData
. Обратите внимание на то, что каждая строка в PMData
соответствует идеальной паре (PM), зонд и каждый столбец в PMData
соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL сгенерирован от отдельного чипа. Все микросхемы должны иметь тот же тип.) Детали о фоновой корректировке описаны Bolstad, 2005.
вызовы BackAdjustedMatrix
= rmabackadj (..., 'PropertyName
', PropertyValue
, ...)rmabackadj
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает метод оценки для фоновых параметров модели корректировки. Когда BackAdjustedMatrix
=
rmabackadj(..., 'Method', MethodValue
,
...)MethodValue
'RMA'
, rmabackadj
реализует метод оценки, описанный Bolstad, 2005. Когда MethodValue
'MLE'
, rmabackadj
оценивает параметры с помощью наибольшего правдоподобия. Значением по умолчанию является 'RMA'
.
задает используемую модель фонового шума. Когда BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(...,
'Truncate', TruncateValue
, ...)TruncateValue
false
, rmabackadj
использует неусеченный Гауссов в качестве модели фонового шума. Значением по умолчанию является true
.
позволяет вам построить гистограмму, показывающую распределение (синих) значений интенсивности зонда PM и замысловатая (красная) функция распределения вероятностей, предполагаемыми параметрами mu, сигмой и альфой. Когда BackAdjustedMatrix
= rmabackadj(...,
'Showplot', ShowplotValue
, ...)ShowplotValue
'all'
, rmabackadj
строит гистограмму для каждого столбца или чипа. Когда ShowplotValue
номер, список чисел или область значений чисел, rmabackadj
строит гистограмму для обозначенного номера столбца (чип).
Например:
(..., 'Showplot', 3,...)
строит значения интенсивности в столбце 3 PMData
.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...)
строит значения интенсивности в столбцах 3, 5 и 7 из PMData
.
(..., 'Showplot', 3:9,...)
строит значения интенсивности в столбцах 3 - 9 PMData
.
Загрузите MAT-файл, включенный с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные тестового уровня Affymetrix, включая pmMatrix
, матрица PM зондирует значения интенсивности из нескольких файлов CEL.
load prostatecancerrawdata
Выполните фоновую корректировку на значениях интенсивности зонда премьер-министра в матрице, pmMatrix
, создавая новую матрицу, BackgroundAdjustedMatrix
.
BackgroundAdjustedMatrix = rmabackadj(pmMatrix);
Выполните фоновую корректировку на значениях интенсивности зонда премьер-министра только в столбце 3 матрицы, pmMatrix
, создавая новую матрицу, BackgroundAdjustedChip3
.
BackgroundAdjustedChip3 = rmabackadj(pmMatrix(:,3));
prostatecancerrawdata.mat
файл, используемый в предыдущем примере, содержит данные из Лучшего и др., 2005.
[1] Irizarry, R.A., Хоббс, B., Коллин, F., Бизер-Барклай, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., скорость, T.P. (2003). Исследование, нормализация и сводные данные данных об уровне зонда олигонуклеотида высокой плотности массивов. Биостатистика 4, 249–264.
[2] Bolstad, B. (2005). “affy: встроенные методы обработки” https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf
[3] Лучше всего, C.J.M., Гиллеспи, J.W., И, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Gathright, Y., Эриксон, H.S., Георгевич, L., Tangrea, M.A., Duray, P.H., Гонсалес, S., Веласко, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Цена, D.K., Figg, W.D., Emmert-маркер, M.R., и Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке простаты после терапии абляции андрогена. Клинические Исследования рака 11, 6823–6834.
affyinvarsetnorm
| affyread
| affyrma
| celintensityread
| probelibraryinfo
| probesetlink
| probesetlookup
| probesetvalues
| quantilenorm
| rmasummary