Выберите древовидные ветви и листы в объекте phytree
S
= select(Tree
, N
)
[S
, Selleaves
, Selbranches
]
= select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue
,
...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue
,
...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue
,
...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue
,
...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue
,
...)
Tree | Филогенетическое дерево ( |
N | Количество самых близких узлов к корневому узлу. |
ReferenceValue | Свойство выбрать контрольную точку для измерения расстояния. |
CriteriaValue | Свойство выбрать критерии измерения расстояния. |
ThresholdValue | Свойство выбрать значение расстояния. Узлы с расстояниями ниже этого значения выбраны. |
ExcludeValue | Свойство удалить (исключает) ветвь или вершины от выхода. Введите 'none' , 'branches' , или 'leaves' . Значением по умолчанию является 'none' . |
PropagateValue | Свойство выбрать узлы распространения к листам или корню. |
S | Логический вектор для всех выбранных узлов. |
Selleaves | Логический вектор для выбранных листов. |
Selbranches | Логический вектор для выбранных ветвей. |
возвращает логический вектор (S
= select(Tree
, N
)S
) из размера [NumNodes x 1]
указание на N
самые близкие узлы к корневому узлу phytree
объект (Tree
) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches
. Первый используемый критерий является уровнями ветви, затем принадлежащее отцам церкви расстояние (также известный как древовидное расстояние). По умолчанию, select
использование Inf
как значение N
, и выберите (
возвращает вектор со значениями Tree
)true
.
[
возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листов и один для выбранных ветвей.S
, Selleaves
, Selbranches
]
= select(...)
выберите (..., '
дополнительные опции использования, заданные как один или несколько аргументов пары "имя-значение". Каждый PropertyName
', PropertyValue
, ...)PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Эти пары "имя-значение" следующие:
select(..., 'Reference',
изменяет контрольную точку (точки), чтобы измерить близость. ReferenceValue
,
...)ReferenceValue
может быть 'root'
(значение по умолчанию) или 'leaves'
или индекс, который указывает на любой узел дерева. При использовании 'leaves'
, узел может иметь несколько расстояний до своих порожденных листов (nonultrametric дерево). Если так, select
рассматривает минимальное расстояние до любого порожденного листа.
select(..., 'Criteria',
изменяется критерии раньше измеряли близость. Если CriteriaValue
,
...)
(значение по умолчанию), первый критерий является уровнями ветви и затем принадлежащим отцам церкви расстоянием. Если CriteriaValue
= 'уровни'
, первый критерий является принадлежащим отцам церкви расстоянием, и затем перейдите уровни.CriteriaValue
= 'расстояние'
select(..., 'Threshold',
выбирает все узлы, где близость меньше чем или равна пороговому значению ThresholdValue
,
...)(
. Можно использовать любой ThresholdValue
)'Criteria'
или 'Reference'
в сочетании с этой парой "имя-значение". Если N
не задан, затем N = Inf
. В противном случае можно ограничить количество выбранных узлов N
.
select(..., 'Exclude',
устанавливает постфильтр, который исключает все узлы ветви из ExcludeValue
,
...)S
когда
или исключает все узлы отпуска когда ExcludeValue
= 'ветви'
. Значением по умолчанию является ExcludeValue
= 'листы''none'
.
select(..., 'Propagate',
активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы к листам когда PropagateValue
,
...)PropagateValue
установлен в 'toleaves'
или к корню, находящему общего предка, когда PropagateValue
установлен в 'toroot'
. Значением по умолчанию является 'none'
. PropagateValue
май также be 'both'
. 'Propagate'
действия свойства после 'Exclude'
пара "имя-значение".
% Load a phylogenetic tree created from a protein family: tr = phytreeread('pf00002.tree'); % To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human): ind = getbyname(tr,'vipr2_human'); [sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',... 'threshold',0.6,'reference',ind); view(tr,sel_leaves) % To find potential outliers in the tree, use [sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',... 'threshold',.3,... 'reference','leaves',... 'exclude','leaves',... 'propagate','toleaves'); view(tr,~sel_leaves)