select (phytree)

Выберите древовидные ветви и листы в объекте phytree

Синтаксис

S = select(Tree, N)
[S, Selleaves, Selbranches] = select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue, ...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue, ...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue, ...)

Аргументы

Tree

Филогенетическое дерево (phytree объект) созданный с функцией phytree.

N

Количество самых близких узлов к корневому узлу.

ReferenceValue

Свойство выбрать контрольную точку для измерения расстояния.

CriteriaValue

Свойство выбрать критерии измерения расстояния.

ThresholdValue

Свойство выбрать значение расстояния. Узлы с расстояниями ниже этого значения выбраны.

ExcludeValueСвойство удалить (исключает) ветвь или вершины от выхода. Введите 'none', 'branches', или 'leaves'. Значением по умолчанию является 'none'.
PropagateValueСвойство выбрать узлы распространения к листам или корню.
SЛогический вектор для всех выбранных узлов.
SelleavesЛогический вектор для выбранных листов.
SelbranchesЛогический вектор для выбранных ветвей.

Описание

S = select(Tree, N) возвращает логический вектор (S) из размера [NumNodes x 1] указание на N самые близкие узлы к корневому узлу phytree объект (Tree) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches. Первый используемый критерий является уровнями ветви, затем принадлежащее отцам церкви расстояние (также известный как древовидное расстояние). По умолчанию, select использование Inf как значение N, и выберите (Tree) возвращает вектор со значениями true.

[S, Selleaves, Selbranches] = select(...) возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листов и один для выбранных ветвей.

выберите (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) дополнительные опции использования, заданные как один или несколько аргументов пары "имя-значение". Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Эти пары "имя-значение" следующие:

select(..., 'Reference', ReferenceValue, ...) изменяет контрольную точку (точки), чтобы измерить близость. ReferenceValue может быть 'root' (значение по умолчанию) или 'leaves' или индекс, который указывает на любой узел дерева. При использовании 'leaves', узел может иметь несколько расстояний до своих порожденных листов (nonultrametric дерево). Если так, select рассматривает минимальное расстояние до любого порожденного листа.

select(..., 'Criteria', CriteriaValue, ...) изменяется критерии раньше измеряли близость. Если CriteriaValue = 'уровни' (значение по умолчанию), первый критерий является уровнями ветви и затем принадлежащим отцам церкви расстоянием. Если CriteriaValue = 'расстояние', первый критерий является принадлежащим отцам церкви расстоянием, и затем перейдите уровни.

select(..., 'Threshold', ThresholdValue, ...) выбирает все узлы, где близость меньше чем или равна пороговому значению (ThresholdValue). Можно использовать любой 'Criteria' или 'Reference' в сочетании с этой парой "имя-значение". Если N не задан, затем N = Inf. В противном случае можно ограничить количество выбранных узлов N.

select(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) устанавливает постфильтр, который исключает все узлы ветви из S когда ExcludeValue = 'ветви' или исключает все узлы отпуска когда ExcludeValue = 'листы'. Значением по умолчанию является 'none'.

select(..., 'Propagate', PropagateValue, ...) активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы к листам когда PropagateValue установлен в 'toleaves' или к корню, находящему общего предка, когда PropagateValue установлен в 'toroot'. Значением по умолчанию является 'none'. PropagateValue май также be 'both'. 'Propagate' действия свойства после 'Exclude' пара "имя-значение".

Примеры

% Load a phylogenetic tree created from a protein family:
tr = phytreeread('pf00002.tree');

% To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human):
ind = getbyname(tr,'vipr2_human');
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
                          'threshold',0.6,'reference',ind);
view(tr,sel_leaves)
 
% To find potential outliers in the tree, use
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
                             'threshold',.3,...
                             'reference','leaves',...
                             'exclude','leaves',...
                             'propagate','toleaves');
view(tr,~sel_leaves)

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте