Отобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот
seqlogo(
Seqs
)
seqlogo(Profile
)
WgtMatrix
=
seqlogo(...)
[WgtMatrix
, Handle
]
= seqlogo(...)
seqlogo(..., 'Displaylogo', DisplaylogoValue
,
...)
seqlogo(..., 'Alphabet', AlphabetValue
,
...)
seqlogo(..., 'Startat', StartatValue
,
...)
seqlogo(..., 'Endat', EndatValue
,
...)
seqlogo(..., 'SSCorrection', SSCorrectionValue
,
...)
Seqs | Набор попарных или умножает выровненный нуклеотид или последовательности аминокислот, представленные любым следующим:
|
Profile | Матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца в нескольких выравнивание, такой, как возвращено Размер матрицы плотности распределения:
Если разрывы были включены, |
DisplaylogoValue | Управляет отображением логотипа последовательности. Выбором является |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Выбором является |
StartatValue | Положительное целое число, которое задает стартовую позицию для последовательностей в |
EndatValue | Положительное целое число, которое задает конечное положение для последовательностей в |
SSCorrectionValue | Управляет использованием коррекции небольшой выборки по оценке количества битов. Выбором является |
WgtMatrix | Массив ячеек, содержащий символ, перечисляет в Seqs или Profile и матрица веса, используемая, чтобы графически отобразить логотип последовательности. |
Handle | Обработайте к фигуре логотипа последовательности. |
seqlogo(
отображает логотип последовательности для Seqs
)Seqs
, набор выровненных последовательностей. Логотип графически отображает сохранение последовательности в особом положении в выравнивании последовательностей, измеренных в битах. Максимальным сохранением последовательности на сайт является log2(4)
биты для последовательностей нуклеотида и log2(20)
биты для последовательностей аминокислот. Если значение сохранения последовательности является нулем или отрицательный, никакой логотип не отображен в том положении.
seqlogo(
отображает логотип последовательности для Profile
)Profile
, матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца в нескольких выравнивание, такой, как возвращено seqprofile
функция.
Цветовой код для нуклеотидов
Нуклеотид | Цвет |
---|---|
A | Зеленый |
C | Синий |
G | Желтый |
T U | Красный |
Другой | Фиолетовый |
Цветовой код для аминокислот
Аминокислота | Химическое свойство | Цвет |
---|---|---|
G S T Y C Q N | Полярный | Зеленый |
A V L I P W F M | Гидрофобный | Оранжевый |
D E | Кислый | Красный |
K R H | Основной | Синий |
Другой | — | Tan |
возвращает массив ячеек уникальных символов в последовательности WgtMatrix
=
seqlogo(...)Seqs
или Profile
, и информационная матрица веса, используемая, чтобы графически отобразить логотип.
[
возвращает указатель на фигуру логотипа последовательности. WgtMatrix
, Handle
]
= seqlogo(...)
seqlogo (
вызовы Seqs
PropertyName
', PropertyValue
, ...)seqpdist
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
seqlogo(..., 'Displaylogo',
управляет отображением логотипа последовательности. Выбором является DisplaylogoValue
,
...)true
(значение по умолчанию) или false
.
seqlogo(..., 'Alphabet',
задает тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Выбором является AlphabetValue
,
...)'NT'
(значение по умолчанию) or'AA'
.
Примечание
Если вы предоставляете последовательности аминокислот seqlogo
, необходимо установить Alphabet
к 'AA'
.
seqlogo(..., 'Startat',
задает стартовую позицию для последовательностей в StartatValue
,
...)Seqs
. Стартовой позицией по умолчанию является 1
.
seqlogo(..., 'Endat',
задает конечное положение для последовательностей в EndatValue
,
...)Seqs
. Значением по умолчанию конечное положение является максимальная длина последовательностей в Seqs
.
seqlogo(..., 'SSCorrection',
управляет использованием коррекции небольшой выборки по оценке количества битов. Выбором является SSCorrectionValue
,
...)true
(значение по умолчанию) или false
.
Примечание
Простое вычисление битов имеет тенденцию переоценивать сохранение в конкретном местоположении. Компенсировать эту переоценку, когда SSCorrection
установлен в true
, грубая оценка применяется как аппроксимированная коррекция. Эта коррекция работает лучше, когда количество последовательностей больше 50.
[1] Шнейдер, T.D., и Стивенс, R.M. (1990). Логотипы последовательности: новый способ отобразить последовательности согласия. Исследование Нуклеиновых кислот 18, 6097–6100.