Вычислите последовательность согласия
CSeq
= seqconsensus(Seqs
)
[CSeq
, Score
]
= seqconsensus(Seqs
)
CSeq
= seqconsensus(Profile
)
seqconsensus(..., 'PropertyName
', PropertyValue
,...)
seqconsensus(..., 'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue
)
Seqs | Набор умножает выровненную аминокислоту или последовательности нуклеотида. Введите символьный массив, вектор строки, массив ячеек из символьных векторов или массив структур с полем Sequence . |
Profile | Профиль последовательности. Введите профиль от функции seqprofile Профиль матрица размера [20 (or 4) x Sequence Length] с частотой или количеством аминокислот (или нуклеотиды) для каждого положения. Profile может также иметь 21 (или 5) строки, если разрывы включены в согласие. |
ScoringMatrixValue | Любое из следующего:
Примечание Если необходимо скомпилировать |
, для умножения выровненного набора последовательностей (CSeq
= seqconsensus(Seqs
)Seqs
), возвращает вектор символов с последовательностью согласия (CSeq
). Частота символов (20
аминокислоты, 4
нуклеотиды) в наборе последовательностей определяется с функцией seqprofile
. Для неоднозначного нуклеотида или символов аминокислоты, частоты или количества добавляется к стандартному набору символов.
[
возвращает счет сохранения последовательности согласия. Баллы вычисляются с выигрывающим матричным CSeq
, Score
]
= seqconsensus(Seqs
)BLOSUM50
для аминокислот или NUC44
для нуклеотидов. Баллы являются средним евклидовым расстоянием между выигранным символом и значением согласия M-dimensional. M
размер алфавита. Значение согласия является профилем, взвешенным матрицей выигрыша.
возвращает вектор символов с последовательностью согласия (CSeq
= seqconsensus(Profile
)CSeq
) от профиля последовательности (Profile
).
seqconsensus(..., '
задает дополнительные свойства с помощью имени свойства / пары значения.PropertyName
', PropertyValue
,...)
seqconsensus(..., 'ScoringMatrix',
задает матрицу выигрыша. ScoringMatrixValue
)
Следующие входные параметры походят на функцию seqprofile
когда алфавит ограничивается 'AA'
ornt
.
seqconsensus (..., 'Алфавит',
AlphabetValue
)
seqconsensus (..., 'Разрывы',
GapsValue
)
seqconsensus (..., 'Неоднозначный',
AmbiguousValue
)
seqconsensus (..., 'Пределы',
LimitsValue
)
seqs = fastaread('pf00002.fa'); [C,S] = seqconsensus(seqs,'limits',[50 60],'gaps','all')
fastaread
| multialignread
| multialignwrite
| profalign
| seqdisp
| seqprofile