Вычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности
Profile
= seqprofile(Seqs
)
[Profile
, Symbols
]
= seqprofile(Seqs
)
seqprofile(Seqs
,
...'Alphabet', AlphabetValue
, ...)
seqprofile(Seqs
,
...'Counts', CountsValue
, ...)
seqprofile(Seqs
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)
seqprofile(Seqs
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
seqprofile(Seqs
,
...'Limits', LimitsValue
, ...)
Seqs | Набор умножает выровненные последовательности, представленные любым из following:.
|
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая алфавит последовательности. Выбор:
Когда |
CountsValue | Средства управления, возвращающие частоту (отношение количеств количеств/общего количества) или количеств. Выбором является |
GapsValue | Вектор символов или строка, которая управляет подсчетом разрывов в последовательности. Выбор:
|
AmbiguousValue | Средства управления считая неоднозначные символы. Введите |
LimitsValue | Задает, использовать ли часть последовательности. Введите |
возвращает Profile
= seqprofile(Seqs
)Profile
, матрица размера [20 (or 4) x SequenceLength]
с частотой аминокислот (или нуклеотиды) для каждого столбца в нескольких выравнивание. Распоряжением строк дают
4 нуклеотида — A C G T/U
20 аминокислот — A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
[
возвращает Profile
, Symbols
]
= seqprofile(Seqs
)Symbols
, уникальный символ перечисляет, где каждый символ в списке соответствует строке в Profile
, профиль.
seqprofile (
вызовы Seqs
PropertyName
', PropertyValue
, ...)seqprofile
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
seqprofile(
выбирает алфавит нуклеотида, алфавит аминокислоты или никакой алфавит.Seqs
,
...'Alphabet', AlphabetValue
, ...)
seqprofile(
когда Seqs
,
...'Counts', CountsValue
, ...)Counts
true
, возвращает количества вместо частоты.
seqprofile(
добавляет строку к нижней части профиля (Seqs
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)Profile
) со счетом для разрывов.
seqprofile(
когда Seqs
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)Ambiguous
'count'
, считает неоднозначные символы аминокислоты (B Z X
) и символы нуклеотида (R Y K M S W B D H V N
) со стандартными символами. Например, аминокислота X
добавляет 1/20
рассчитайте к каждой строке в то время как аминокислота B
количества как 1/2
в D
и N
'Строки' .
seqprofile(
задает положения начала и конца для профиля относительно индексов нескольких выравнивание.Seqs
,
...'Limits', LimitsValue
, ...)
fastaread
| multialignread
| multialignwrite
| seqconsensus
| seqdisp
| seqlogo