Считайте данные из файла Короткого аналитического пакета олигонуклеотида (SOAP)
SOAPStruct = soapread(File)
SOAPStruct = soapread(File,Name,Value)
чтения SOAPStruct
= soapread(File
)File
, отформатированный SOAP файл (версия 2.15) и возвращает данные в SOAPStruct
, массив MATLAB® структур.
читает отформатированный SOAP файл с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими SOAPStruct
= soapread(File
,Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или текст отформатированного SOAP файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке. |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из отформатированного SOAP файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
Логическое определение, включать ли Значение по умолчанию: tRUE |
|
N-by-1 массив структур, содержащих выравнивание последовательности и сопоставляющих информацию из отформатированного SOAP файла, где N является количеством записей выравнивания, сохраненных в отформатированном SOAP файле. Каждая структура содержит следующие поля.
|
Читайте выравнивание записывает (записи) от sample01.soap
файл в массив MATLAB структур и доступа некоторые данные:
% Read the alignment records stored in the file sample01.soap data = soapread('sample01.soap')
data = 17x1 struct array with fields: QueryName Sequence Quality NumHits PairedEndSourceFile Length Strand ReferenceName Position AlignDetails
% Access the quality score for the 6th entry data(6).Quality
ans = <>.>>>8>;:1>>>3>6>
% Determine the strand direction (forward or reverse) of the reference % sequence to which the 12th entry aligns data(12).Strand
ans = -
Читайте блок выравнивания записывает (записи) от sample01.soap
файл в массив MATLAB структур:
% Read a block of six entries from a SOAP file data_5_10 = soapread('sample01.soap','blockread', [5 10])
data_5_10 = 6x1 struct array with fields: QueryName Sequence Quality NumHits PairedEndSourceFile Length Strand ReferenceName Position AlignDetails
Если ваш отформатированный SOAP файл является слишком большим, чтобы считать использующую доступную память, попробуйте любое из следующего:
Используйте BlockRead
аргументы пары "имя-значение", чтобы считать подмножество записей.
Создайте BioIndexedFile
объект из отформатированного SOAP файла (использующий 'TABLE'
для Format
), и затем получите доступ к методам использования записей BioIndexedFile
класс.
[1] Литий, R., Ю, C., Литий, Y., Бегство, T., Ю, S., Кристиэнсен, K. и Ван, J. (2009). SOAP2: улучшенный сверхбыстрый инструмент для короткого выравнивания чтения. Биоинформатика 25, 15, 1966–1967.
[2] Литий, R., Литий, Y., Кристиэнсен, K. и Ван, J. (2008). SOAP: короткая программа выравнивания олигонуклеотида. Биоинформатика 24 (5), 713–714.