Считайте данные из файла SAM
SAMStruct
= samread(File
)
[SAMStruct
, HeaderStruct
]=
samread(File
)
... = samread(File
,'ParameterName
',ParameterValue
)
читает SAM-отформатированный файл и возвращает данные в массиве MATLAB® структур.SAMStruct
= samread(File
)
[
возвращает выравнивание и данные о заголовке в двух отдельных переменных.SAMStruct
, HeaderStruct
]=
samread(File
)
... = samread(
принимает один или несколько разделенное от запятой название параметра / пары значения. Задайте File
,'ParameterName
',ParameterValue
)ParameterName
в одинарных кавычках.
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла SAM-отформатированного файла или текст SAM-отформатированного файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке. |
|
Управляет чтением дополнительных тегов в дополнение к первым 11 полям для каждого выравнивания в SAM-отформатированном файле. Выбором является |
|
Вектор символов или строка, задающая ID группы чтения, для которого можно считать выравнивание, записывают от. Значение по умолчанию должно считать записи из всех групп. Совет Для списка групп чтения (если есть), возвратите информацию о заголовке в отдельном |
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из SAM-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
N-by-1 массив структур, содержащих выравнивание последовательности и сопоставляющих информацию из SAM-отформатированного файла, где N является количеством записей выравнивания, сохраненных в SAM-отформатированном файле. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||||||||||||||||||||
|
Структура, содержащая информацию о заголовке для SAM-отформатированного файла в следующих полях.
* — Эти структуры и их поля появляются в структуре output, только если они присутствуют в файле SAM. Информация в этих структурах зависит от информации, существующей в файле SAM. |
Считайте информации заголовка и данные о выравнивании из ex1.sam
файл, включенный с Bioinformatics Toolbox™, и затем, возвращает информацию в двух отдельных переменных:
[data header] = samread('ex1.sam');
Считайте блок записей, исключая теги, от ex1.sam
файл, и затем возвращает информацию в массиве структур:
% Read entries 5 through 10 and do not include the tags data = samread('ex1.sam','blockread', [5 10], 'tags', false);
Используйте saminfo
функция, чтобы исследовать размер и содержимое SAM-отформатированного файла перед использованием samread
функционируйте, чтобы считать содержимое файла в массив MATLAB структур.
Если ваш SAM-отформатированный файл является слишком большим, чтобы считать использующую доступную память, попробуйте одно из следующего:
Используйте BlockRead
параметр с samread
функционируйте, чтобы считать подмножество записей.
Создайте объект BioIndexedFile из SAM-отформатированного файла, затем получите доступ к методам использования записей BioIndexedFile
класс.
Используйте SAMStruct
выходной аргумент это samread
возвращается, чтобы создать BioMap
объект, который позволяет вам исследовать, получает доступ, фильтрует и управляет всеми или подмножеством данных, прежде, чем сделать последующие исследования или просмотреть данные.
bamindexread
| baminfo
| bamread
| BioIndexedFile
| BioMap
| fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| saminfo
| sffinfo
| sffread
| soapread