Считайте данные из файла FASTQ
FASTQStruct
= fastqread(File
)
[Header
, Sequence
]
= fastqread(File
)
[Header
, Sequence
, Qual
]
= fastqread(File
)
fastqread(..., 'Blockread', BlockreadValue
,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', HeaderOnlyValue
,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', TrimHeadersValue
,
...)
читает FASTQ-отформатированный файл и возвращает данные в массиве MATLAB® структур.FASTQStruct
= fastqread(File
)
[
возвращает только заголовок и данные о последовательности в двух отдельных переменных.Header
, Sequence
]
= fastqread(File
)
[
возвращает данные в трех отдельных переменных.Header
, Sequence
, Qual
]
= fastqread(File
)
fastqread (..., '
вызовы PropertyName
', PropertyValue
, ...)fastqread
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
в одинарных кавычках. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
fastqread(..., 'Blockread',
читает одну запись последовательности или блок записей последовательности из FASTQ-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue
,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly',
задает, возвратить ли только информацию о заголовке. HeaderOnlyValue
,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders',
задает, обрезать ли заголовок к первому пробелу. TrimHeadersValue
,
...)
|
Любое из следующего:
|
|
Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из FASTQ-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный |
|
Задает, возвратить ли только информацию о заголовке. Выбором является |
|
Задает, обрезать ли заголовок после первого пробельного символа. Пробельные символы включают пробел (char (32)) и вкладка (char (9)). Выбором является |
|
Массив структур, содержащих информацию из FASTQ-отформатированного файла. Существует одна структура для каждого чтения последовательности или записи в файле. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о заголовке или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о заголовке. | ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о последовательности или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о последовательности. | ||||||||
|
Переменный содержащий информацию о качестве или, если FASTQ-отформатированный файл содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о качестве. |
Считайте файл FASTQ в массив структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into % an array of structures reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq') reads = 1x50 struct array with fields: Header Sequence Quality
Считайте файл FASTQ в три отдельных переменные:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into % three separate variables [headers,seqs,quals] = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');
Считайте блок записей из файла FASTQ:
% Read the contents of reads 5 through 10 into % an array of structures reads_5_10 = fastqread('SRR005164_1_50.fastq', 'blockread', [5 10]) 1x6 struct array with fields: Header Sequence Quality
BioIndexedFile
| BioRead
| fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| saminfo
| samread
| sffinfo
| sffread