Считывание интенсивности зондов из файлов Affymetrix CEL
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles, CDFFile)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'CDFPath', CDFPathValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'PMOnly', PMOnlyValue, ...)
ProbeStructure = celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)
CELFiles | Любое из следующих действий:
|
CDFFile | Одно из следующих действий:
|
CELPathValue | Символьный вектор или строка, указывающая путь и папку, в которых указаны файлы CELFiles хранятся. |
CDFPathValue | Символьный вектор или строка, указывающая путь и папку, в которой указан файл CDFFile хранится. |
PMOnlyValue | Свойство для включения или исключения значений интенсивности зонда несоответствия (MM) в возвращаемой структуре. Войти true для возврата только интенсивности зонда идеального соответствия (PM). Войти false для возврата интенсивностей зондов PM и MM. По умолчанию: true. |
VerboseValue | Управляет отображением отчета о ходе выполнения, отображающего имя каждого файла CEL при его чтении. Когда VerboseValue является false, отчет о ходе выполнения не отображается. По умолчанию: true. |
ProbeStructure | Структура MATLAB ® содержит информацию из файлов CEL, включая интенсивности зондов, индексы зондов и идентификаторы наборов зондов. |
ProbeStructure = celintensityread(CELFiles, CDFFile)ProbeStructureструктура, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивности зондов, индексы зондов и идентификаторы наборов зондов. CELFiles - символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих имена CEL-файлов. CDFFile - символьный вектор или строка, задающая имя файла CDF.
Если установить CELFiles кому '*'затем считывает все файлы CEL в текущей папке. Если установить CELFiles кому ' 'затем открывается диалоговое окно «Выбор файлов CEL», в котором можно выбрать файлы CEL. В этом диалоговом окне можно нажать и удерживать клавишу CTRL или SHIFT, чтобы выбрать несколько файлов CEL.
Если установить CDFFile кому ' 'затем открывается диалоговое окно «Выбор файла CDF», в котором выбирается файл CDF.
ProbeStructure = celintensityread(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)celintensityread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
указывает путь и папку, в которых файлы указаны ProbeStructure = celintensityread(..., 'CELPath', CELPathValue, ...)CELFiles хранятся.
ProbeStructure = celintensityread(..., 'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile хранится.
ProbeStructure = celintensityread(..., 'PMOnly', PMOnlyValue, ...)PMOnlyValue является true, celintensityread возвращает только интенсивности зонда совершенного соответствия (PM). Когда PMOnlyValue является false, celintensityread возвращает значения интенсивности зондов PM и MM. По умолчанию: true.
Совет
Чтение большого количества CEL-файлов и/или большого CEL-файла может потребовать от операционной системы больших объемов памяти.
При получении ошибок, связанных с памятью, попробуйте выполнить следующие действия:
Увеличьте объем виртуальной памяти (пространства подкачки) для операционной системы, как описано в разделе Устранение ошибок «Недостаточно памяти».
При получении ошибок, связанных с пространством кучи Java ®, увеличьте пространство кучи Java:
Если используется MATLAB версии 7.10 (R2010a) или более поздней, см. раздел Настройки кучной памяти Java.
Если используется MATLAB версии 7.9 (R2009b) или более ранней, см. раздел https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C/.
ProbeStructure содержит следующие поля.
| Область | Описание |
|---|---|
CDFName | Имя файла библиотеки Affymetrix CDF. |
CELNames | Массив ячеек имен файлов Affymetrix CEL. |
NumChips | Количество файлов CEL, считанных в структуру. |
NumProbeSets | Количество наборов зондов в каждом файле CEL. |
NumProbes | Количество зондов в каждом файле CEL. |
ProbeSetIDs | Массив ячеек идентификаторов набора зондов из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор столбца, содержащий информацию индексации зонда. Зонды в наборе зондов нумеруются |
GroupNumbers | Вектор столбца, содержащий номера групп для зондов в наборе зондов. Для данных экспрессии генов номер группы для всех зондов
|
PMIntensities | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда совершенного соответствия (PM). Каждая строка соответствует тесту, а каждый столбец - CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
MMIntensities (необязательно) | Матрица, содержащая значения интенсивности зонда рассогласования (MM). Каждая строка соответствует тесту, а каждый столбец - CEL-файлу. Строки упорядочены так же, как в |
ProbeStructure = celintensityread(..., 'Verbose', VerboseValue, ...)VerboseValue является false, отчет о ходе выполнения не отображается. По умолчанию: true.
В следующем примере предполагается наличие HG_U95Av2.CDF файл библиотеки, хранящийся в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenomeи что текущая папка указывает на расположение, содержащее файлы CEL, связанные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере celintensityread функция считывает все файлы CEL в текущей папке и файл CDF в указанной папке. В следующей командной строке используется rmabackadj для выполнения фоновой регулировки интенсивностей зонда PM в PMIntensities поле PMProbeStructure.
PMProbeStructure = celintensityread('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMProbeStructure.PMIntensities);
affygcrma | affyinvarsetnorm | affyprobeseqread | affyread | affyrma | affysnpintensitysplit | agferead | gcrma | gcrmabackadj | gprread | ilmnbsread | probelibraryinfo | probesetlink | probesetlookup | probesetplot | probesetvalues | rmabackadj | rmasummary | sptread