Exponenta Banner
exponenta event banner

bamindexread

Чтение индекса BAM, BAI, файл

свернуть все на странице

Синтаксис

Index = bamindexread(File)

Описание

Index = bamindexread(File) читает File, файл BAI и возвращает Indexструктура MATLAB ®, которая задает смещения в сжатый файл выравнивания/отображения двоичной последовательности (BAM) и распакованный блок данных для каждой ссылочной последовательности и диапазона позиций (ячеек) в каждой ссылочной последовательности .

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла BAM или BAI-файла. Если File является файлом BAM, bamindexread считывает соответствующий файл BAI, то есть файл BAI с тем же корневым именем и хранится в той же папке, что и файл BAM. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке.

Выходные аргументы

Index

Массив структур MATLAB, который задает смещения в сжатый файл выравнивания/сопоставления двоичной последовательности (BAM) и распакованный блок данных для каждой ссылочной последовательности и диапазона позиций (ячеек) в ссылочной последовательности. Index содержит следующие поля.

ОбластьОписание
Filename

Имя файла BAM или BAI, используемого для создания Index массив конструкций.

Index

1-by-N массив структур, где N - количество опорных последовательностей в соответствующем BAM-файле. Каждая структура содержит следующие поля:

  • BinID - Массив идентификаторов ячеек для одной ссылочной последовательности.

  • BGZFOffsetStart - Смещение в файле BAM до начала первого блока BGZF, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • BGZFOffsetEnd - Смещение в файле BAM до начала последнего блока BGZF, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • DataOffsetStart - Смещение в распакованном блоке данных до начала, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • DataOffsetEnd - Смещение в распакованном блоке данных до конца, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • LinearBGZFOffset - Смещение в файле BAM до первой трассы в соответствующем интервале 16384 bp.

  • LinearDataOffset - Смещение в распакованном файле данных до первого выравнивания в соответствующем интервале 16384 bp.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как создать структуру индекса из файла индекса BAM.

ind = bamindexread('ex1.bam')
ind = struct with fields:
    Filename: 'ex1.bam.bai'
       Index: [1x2 struct]

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2010b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка