Импорт данных NGS, хранящихся в различных форматах файлов, таких как FASTA, FASTQ, SAM и BAM. Считывание аннотаций элементов из файлов GTF и GFF. Для доступа к данным NGS и управления ими используются различные объекты. Например, BioIndexedFile объект позволяет эффективно обращаться к текстовым файлам с записями неоднородного размера, такими как последовательности и аннотации. Объект используется для доступа к отдельным записям или подмножеству записей, если исходный файл слишком велик для размещения в памяти. Используйте BioMap и BioRead объекты для хранения и управления данными считывания последовательности, содержащими информацию о заголовках, качествах и выравниваниях.
Работа с данными секвенирования следующего поколения
Использовать BioIndexedFile объекты для извлечения записей из больших файлов с помощью индексов или ключей и анализа данных с помощью пользовательских функций.
Управление последовательностью чтения данных в объектах
Использовать BioMap и BioRead объекты для доступа и управления данными NGS из различных форматов файлов, таких как FASTQ, SAM и BAM.
Хранение аннотаций элементов и управление ими в объектах
Используйте объекты аннотаций элементов GTF и GFF для извлечения информации об элементах из одной или нескольких последовательностей привязок.
Доступ к интерактивным базам данных и репозиториям с использованием различных функций MATLAB ® и импорт данных в рабочую область для дальнейшего анализа.
Визуализация данных NGS с помощью приложения Genomics Viewer
Используйте приложение Genomics Viewer для просмотра данных выравнивания NGS для однонуклеотидных вариаций в гене цитохрома p450.
