exponenta event banner

sampleNames

Класс: bioma.data.ExptData
Пакет: bioma.data

Получение или установка имен образцов в объекте ExptData

Синтаксис

SamNames = sampleNames(EDObj)
SamNames = sampleNames(EDObj, Subset)
NewEDObj = sampleNames(EDObj, Subset, NewSamNames)

Описание

SamNames = sampleNames(EDObj) возвращает массив ячеек символьных векторов, задающих все имена образцов в объекте ExptData.

SamNames = sampleNames(EDObj, Subset) возвращает массив ячеек символьных векторов, задающих подмножество имен образцов в объекте ExptData.

NewEDObj = sampleNames(EDObj, Subset, NewSamNames) заменяет имена образцов, указанные в Subset в EDObj, объект ExptData, с NewSamNames, и возвращает NewEDObj, новый объект ExptData.

Входные аргументы

EDObj

Объект bioma.data.ExptData класс.

Subset

Одно из следующих действий для указания подмножества имен образцов в объекте ExptData:

  • Вектор символов, указывающий имя образца

  • Массив ячеек символьных векторов, задающих имена образцов

  • Положительное целое число

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

NewSamNames

Новые имена образцов для конкретных имен образцов в объекте ExptData, указанные одним из следующих параметров:

  • Числовой вектор

  • Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов

  • Символьный вектор, который sampleNames использует в качестве префикса для имен образцов, с номерами образцов, добавленными к префиксу

  • Логичный true или false (по умолчанию). Если true, sampleNames присваивает уникальные имена образцов с использованием формата Sample1, Sample2и т.д.

Количество имен образцов в NewSamNames должно равняться количеству образцов, указанному в Subset.

Выходные аргументы

SamNames

Массив ячеек символьных векторов, задающих все или некоторые имена образцов в объекте ExptData. Имена образцов - это имена столбцов в объектах DataMatrix объекта ExptData.

NewEDObj

Объект bioma.data.ExptData класс, возвращенный после замены конкретных имен образцов.

Примеры

Создайте объект ExptData, а затем извлеките из него образцы имен:

% Import bioma.data package to make constructor functions
% available
import bioma.data.*
% Create DataMatrix object from .txt file containing 
% expression values from microarray experiment
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');
% Construct ExptData object
EDObj = ExptData(dmObj);
% Retrieve sample names
SNames = sampleNames(EDObj);