Представление значений данных выражений в объектах ExptData

Обзор объектов ExptData

Объект ExptData можно использовать для хранения значений выражений из эксперимента с микрочипами. Объект ExprData хранит значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый из которых имеет одинаковые имена строк (имена элементов) и имена столбцов (имена образцов). Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExptData имеет имя элемента.

Ниже показан небольшой объект DataMatrix, содержащий значения выражений из трех образцов (столбцов) и семи элементов (строк):

                  A         B         C     
    100001_at      2.26     20.14     31.66
    100002_at    158.86    236.25    206.27
    100003_at     68.11    105.45     82.92
    100004_at     74.32     96.68     84.87
    100005_at     75.05     53.17     57.94
    100006_at     80.36     42.89     77.21
    100007_at    216.64    191.32    219.48

Объект ExptData позволяет сохранять, управлять и подбирать значения данных из эксперимента с микрочипами. Объект ExptData включает свойства и методы, которые позволяют получать, извлекать и изменять значения данных из эксперимента с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных. Список свойств и методов см. в разделе Класс ExptData.

Создание объектов ExptData

mouseExprsData.txt файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta et al., 2005.

Импорт bioma.data пакет так, чтобы DataMatrix и ExptData доступны функции конструктора.
```
import bioma.data.*
```
Используйте DataMatrix функция конструктора для создания объекта DataMatrix из данных экспрессии генов в mouseExprsData.txt файл. Этот файл содержит таблицу значений выражений и метаданных (имен образцов и функций) из эксперимента с микрочипами, выполненного с использованием массива Affymetrix ® MGU74Av2 ^GeneChip ®. Существует 26 имен образцов (A через Z) и 500 имен функций (имена наборов зондов).
```
dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');
```
Используйте ExptData функция конструктора для создания объекта ExptData из объекта DataMatrix.
```
EDObj = ExptData(dmObj);
```

Отображение информации об объекте ExptData, EDObj.

EDObj 

Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Примечание

Полную информацию о построении объектов ExptData см. в разделе Класс ExptData.

Использование свойств объекта ExptData

Для доступа к свойствам объекта ExptData используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы определить количество элементов (объектов DataMatrix) в объекте ExptData:

EDObj.NElements

ans =

     1

Чтобы задать свойства объекта ExptData, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, для установки Name свойство объекта ExptData:

EDObj.Name = 'MyExptDataObject'

Примечание

Имена свойств чувствительны к регистру. Список и описание всех свойств объекта ExptData см. в разделе Класс ExptData.

Использование методов объекта ExptData

Для использования методов объекта ExptData используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы получить имена образцов из объекта ExptData:

EDObj.sampleNames

Columns 1 through 9

    'A'    'B'    'C'    'D'    'E'    'F'    'G'    'H'    'I'  ...

Для возврата размера объекта ExptData:

size(EDObj)

ans =

   500    26

Примечание

Полный список методов объекта ExptData см. в разделе Класс ExptData.

Ссылки

[1] Hovatta, I., Tennant, R.S., Helton, R., et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. 438, 662-666 природы.

Документация