Exponenta Banner
exponenta event banner

класс bioma.data.ExptData

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержат значения данных из эксперимента с микрочипами

развернуть все на странице

Описание

Класс ExptData предназначен для того, чтобы содержать значения данных, такие как значения экспрессии генов, из эксперимента с микрочипами. Значения данных хранятся в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый из которых имеет одинаковые имена строк (имена элементов) и имена столбцов (имена образцов). Он обеспечивает удобный способ хранения связанных данных эксперимента в одной структуре данных (объекте). Он также позволяет управлять данными и подбирать их.

Класс ExptData включает свойства и методы, позволяющие получать, извлекать и изменять значения данных из эксперимента с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных.

Строительство

EDobj = bioma.data.ExptData(Data1, Data2, ...) создает объект ExptData из одной или нескольких матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) задает имя элемента для каждого объекта DataMatrix. Name# - символьный вектор или строка, задающая уникальное имя. Имена по умолчанию: Elmt1, Elmt2и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData({Data1, Data2, ...}) создает объект ExptData из массива ячеек матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, указанных как пары имя/значение свойства.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'ElementNames', ElementNamesValue) задает имена элементов для матричных входных данных. ElementNamesValue - массив ячеек символьных векторов или строковых векторов. Имена по умолчанию: Elmt1, Elmt2и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'FeatureNames', FeatureNamesValue) указывает имена элементов (имена строк) для объекта ExptData.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'SampleNames', SampleNamesValue) задает имена образцов (имена столбцов) для объекта ExptData.

Входные аргументы

Data#

Матрица значений экспериментальных данных, определенных любым из следующих:

Все входные данные должны иметь одинаковые размеры. Все объекты DataMatrix также должны иметь одинаковые имена строк и столбцов. Если предоставляются логические или числовые матрицы, bioma.data.ExptData преобразует их в объекты DataMatrix либо с именами строк и столбцов по умолчанию, либо с именами строк и столбцов входных данных DataMatrix, если они предусмотрены.

Строки должны соответствовать функциям, а столбцы - образцам.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix в рабочей области MATLAB.

Name#

Символьный вектор или строка, указывающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix

ElementNamesValue

Массив ячеек символьных векторов или строкового вектора, указывающий уникальные имена элементов для матричных входов. Количество элементов в ElementNamesValue должен равняться числу входных матриц.

По умолчанию: {Elmt1, Elmt2, ...}

FeatureNamesValue

Имена элементов (имена строк) для объекта ExptData, указанные одним из следующих параметров:

  • Массив ячеек символьных векторов

  • Символьный массив

  • Строковый вектор

  • Числовой или логический вектор

  • Символьный вектор или строка, которая используется в качестве префикса для имен элементов, с номерами элементов, добавленными к префиксу

  • Логичный true или false (по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData присваивает уникальные имена элементов с использованием формата Feature1, Feature2и т.д.

Если используется массив ячеек из символьных векторов, символьного массива, строкового вектора, числового или логического вектора, то число элементов должно быть равно числу строк в Data1.

SampleNamesValue

Примеры имен (имен столбцов) для объекта ExptData, указанные одним из следующих параметров:

  • Массив ячеек символьных векторов

  • Символьный массив

  • Строковый вектор

  • Числовой или логический вектор

  • Символьный вектор или строка, которая используется в качестве префикса для имен образцов, с номерами образцов, добавленными к префиксу

  • Логичный true или false (по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData присваивает уникальные имена образцов с использованием формата Sample1, Sample2и т.д.

Если используется массив ячеек из символьных векторов, символьного массива, строкового вектора, числового или логического вектора, то количество элементов должно быть равно количеству столбцов в Data1. Если объект ExptData является частью объекта ExpressionSet, содержащего объект MetaData, имена образцов (имена столбцов) в объекте ExptData должны совпадать с именами образцов (именами строк) в объекте MetaData.

Свойства

ElementClass

Тип класса объектов DataMatrix в эксперименте

Массив ячеек символьных векторов, указывающий тип класса каждого объекта DataMatrix в объекте ExptData. Возможными значениями являются классы MATLAB ®, такие какsingle, double, и logical. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Name

Имя объекта ExptData.

Вектор символов, указывающий имя объекта ExptData. По умолчанию: [].

NElements

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество элементов (объектов DataMatrix) в данных эксперимента. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NFeatures

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество элементов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NSamples

Количество образцов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество образцов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

объединитьсяОбъединение двух объектов ExptData
dmNamesИзвлечь или установить Name свойства объектов DataMatrix в объекте ExptData
elementDataИзвлечение или установка элемента данных (объекта DataMatrix) в объекте ExptData
elementNamesИзвлечение или установка имен элементов объектов DataMatrix в объекте ExptData
featureNamesИзвлечение или установка имен элементов в объекте ExptData
isemptyОпределение пустого объекта ExptData
sampleNamesПолучение или установка имен образцов в объекте ExptData
размерВозвращаемый размер объекта ExptData

Иерархия экземпляров

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData. Объект ExptData содержит один или несколько объектов DataMatrix.

Признаки

Сведения об атрибутах классов см. в разделе Атрибуты классов.

Копирование семантики

Значение. Сведения о том, как это влияет на использование класса, см. в разделе Копирование объектов.

Индексация

Объекты ExptData поддерживают индексирование 1-D в скобках () для извлечения, назначения и удаления данных.

Объекты ExptData не поддерживают:

  • Точка. индексация

  • Индексирование фигурной скобки {}

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как создать объект ExptData, содержащий один объект DataMatrix.

Импорт пакета bioma.data для обеспечения доступности функций конструктора.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из файла .txt, содержащего значения выражений из эксперимента с микрочипами.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData из объекта DataMatrix.

EDObj = ExptData(dmObj)
EDObj = 
Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Ссылки

[1] Hovatta, I., Tennant, R.S., Helton, R., et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. 438, 662-666 природы.

См. также

| | | |

Темы

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка