Exponenta Banner
exponenta event banner

sampleNames

Класс: bioma.data.MetaData
Пакет: bioma.data

Извлечение или установка имен образцов в объекте MetaData

Синтаксис

SamFeatNames = sampleNames(MDObj)
SamFeatNames = sampleNames(MDObj, Subset)
NewMDObj = sampleNames(MDObj, Subset, NewSamFeatNames)

Описание

SamFeatNames = sampleNames(MDObj) возвращает массив ячеек символьных векторов, задающих все имена образцов в объекте MetaData.

SamFeatNames = sampleNames(MDObj, Subset) возвращает массив ячеек символьных векторов, задающих подмножество имен образцов в объекте MetaData.

NewMDObj = sampleNames(MDObj, Subset, NewSamFeatNames) заменяет имена образцов, указанные в Subset в MDObj, объект MetaData, с NewSamFeatNames, и возвращает NewMDObj, новый объект MetaData.

Входные аргументы

MDObj

Объект bioma.data.MetaData класс.

Subset

Одно из следующих действий для указания подмножества имен образцов в объекте MetaData:

  • Вектор символов, указывающий имя образца

  • Массив ячеек символьных векторов, задающих имена образцов

  • Положительное целое число

  • Вектор положительных целых чисел

  • Логический вектор

NewSamFeatNames

Новые примеры имен для определенных имен в объекте MetaData, определяемые одним из следующих параметров:

  • Числовой вектор

  • Массив ячеек символьных векторов или символьный массив

  • Символьный вектор, sampleNames использует в качестве префикса для имен образцов или элементов с добавленными к префиксу номерами

  • Логичный true или false (по умолчанию). Если true, sampleNames присваивает уникальные имена с использованием формата Sample1, Sample2и т.д.

Количество имен в NewSamFeatNames должно равняться количеству образцов, указанному в Subset.

Выходные аргументы

SamFeatNames

Массив ячеек символьных векторов, задающих все или некоторые имена образцов в объекте MetaData. Имена образцов также являются именами строк VarValues массив наборов данных в объекте MetaData.

NewMDObj

Объект bioma.data.MetaData класс, возвращенный после замены конкретных имен образцов.

Примеры

Создайте объект MetaData, а затем извлеките из него образцы имен:

% Import bioma.data package to make constructor function
% available
import bioma.data.*
% Construct MetaData object from .txt file
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#');
% Retrieve the sample names
SNames = sampleNames(MDObj2)

См. также

| | |

Темы

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка