В объекте MetaData можно сохранить метаданные выборки или элементов из эксперимента экспрессии генов микрочипов. Метаданные состоят из имен переменных, например, связанных с образцами или элементами микрочипов, а также описаний и значений переменных.
Объект MetaData хранит метаданные в двух массивах наборов данных:
Массив наборов данных значений - массив наборов данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на образец или элемент. В этом массиве наборов данных столбцы соответствуют переменным, а строки - образцам или элементам. Число и имена столбцов в этом массиве наборов данных должны совпадать с числом и именами строк в массиве наборов данных Описания. Если этот массив наборов данных содержит метаданные образца, то количество и имена строк (образцов) должны совпадать с числом и именами столбцов в объектах DataMatrix в одном объекте ExpressionSet. Если этот массив наборов данных содержит метаданные элемента, то количество и имена строк (элементов) должны совпадать с числом и именами строк в объектах DataMatrix в одном объекте ExpressionSet.
Массив наборов данных описаний - массив наборов данных, содержащий список имен переменных и их описаний. В этом массиве наборов данных каждая строка соответствует переменной. Имена строк - это имена переменных и столбцов с именами VariableDescription, содержит описание переменной. Число и имена строк в массиве наборов данных Descriptions должны совпадать с числом и именами столбцов в массиве наборов данных Values.
Ниже показан массив наборов данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на образец или элемент:
Gender Age Type Strain Source
A 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
B 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
C 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
D 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
E 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
F 'Male' 8 'Wild type' 'C57BL/6J ' 'amygdala' Ниже показан массив наборов данных, содержащий список имен переменных и их описания:
VariableDescription id 'Sample identifier' Gender 'Gender of the mouse in study' Age 'The number of weeks since mouse birth' Type 'Genetic characters' Strain 'The mouse strain' Source 'The tissue source for RNA collection'
Объект MetaData позволяет хранить метаданные из эксперимента с микрочипами, управлять ими и подбирать их. Объект MetaData включает свойства и методы, позволяющие получать, извлекать и изменять метаданные из эксперимента с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа метаданных. Список свойств и методов см. в разделе Класс MetaData
Импорт bioma.data пакет так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Загрузите некоторые данные образца, которые включают данные радужки Фишера из 5 измерений, на образец из 150 ирисов.
load fisheriris
Создайте массив наборов данных из некоторых данных радужки Фишера. Массив наборов данных будет содержать 750 измеренных значений, по одному для каждого из 150 образцов (реплицируется радужная оболочка) при пяти переменных (виды, SL, SW, PL, PW). В этом массиве наборов данных строки соответствуют выборкам, а столбцы - переменным.
irisValues = dataset({nominal(species),'species'}, ...
{meas, 'SL', 'SW', 'PL', 'PW'});Создайте другой массив наборов данных, содержащий список имен переменных и их описания. Этот массив наборов данных будет содержать пять строк, каждая из которых соответствует пяти переменным: species, SL, SW, PL и PW. Первый столбец будет содержать имя переменной. Второй столбец будет иметь заголовок столбца, равный VariableDescription и содержат описание переменной.
% Create 5-by-1 cell array of description text for the variables
varDesc = {'Iris species', 'Sepal Length', 'Sepal Width', ...
'Petal Length', 'Petal Width'}';
% Create the dataset array from the variable descriptions
irisVarDesc = dataset(varDesc, ...
'ObsNames', {'species','SL','SW','PL','PW'}, ...
'VarNames', {'VariableDescription'})
irisVarDesc =
VariableDescription
species 'Iris species'
SL 'Sepal Length'
SW 'Sepal Width'
PL 'Petal Length'
PW 'Petal Width' Создайте объект MetaData из двух массивов наборов данных.
MDObj1 = MetaData(irisValues, irisVarDesc);
Импорт bioma.dataпакет так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Просмотр mouseSampleData.txt файл, включенный в программное обеспечение Toolbox™ биоинформатики.
Обратите внимание, что этот текстовый файл содержит две таблицы. Одна таблица содержит 130 измеренных значений, по одному для каждого из 26 образцов (от A до Z) при пяти переменных (пол, возраст, тип, штамм и источник). В этой таблице строки соответствуют образцам, а столбцы - переменным. Вторая таблица имеет строки, предваряемые # символ. Он содержит пять строк, каждая из которых соответствует пяти переменным: Пол, Возраст, Тип, Штамм и Источник. Первый столбец содержит имя переменной. Второй столбец имеет заголовок столбца, равный VariableDescription и содержит описание переменной.
# id: Sample identifier # Gender: Gender of the mouse in study # Age: The number of weeks since mouse birth # Type: Genetic characters # Strain: The mouse strain # Source: The tissue source for RNA collection ID Gender Age Type Strain Source A Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala B Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala C Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala D Male 8 Wild type A/J amygdala E Male 8 Wild type A/J amygdala F Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala G Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala H Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex I Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex J Male 8 Wild type A/J cingulate cortex K Male 8 Wild type A/J cingulate cortex L Male 8 Wild type A/J cingulate cortex M Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex N Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex O Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus P Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus Q Male 8 Wild type A/J hippocampus R Male 8 Wild type A/J hippocampus S Male 8 Wild type C57BL/6J hippocampus T Male 8 Wild type C57BL/6J4 hippocampus U Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus V Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus W Male 8 Wild type A/J hypothalamus X Male 8 Wild type A/J hypothalamus Y Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus Z Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus
Создание объекта MetaData из метаданных в mouseSampleData.txt файл.
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
Sample Names:
A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Полные сведения о построении объектов MetaData см. в разделе Класс MetaData.
Для доступа к свойствам объекта MetaData используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Например, чтобы определить количество переменных в объекте MetaData:
MDObj2.NVariables
ans =
5Чтобы задать свойства объекта MetaData, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Например, для установки Description свойство объекта MetaData:
MDObj1.Description = 'This is my MetaData object for my sample metadata'
Примечание
Имена свойств чувствительны к регистру. Список и описание всех свойств объекта MetaData см. в разделе Класс MetaData.
Чтобы использовать методы объекта MetaData, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Например, для доступа к массиву наборов данных в объекте MetaData, содержащем значения переменных:
MDObj2.variableValues;
Для доступа к массиву наборов данных объекта MetaData, содержащего описания переменных:
variableDesc(MDObj2)
ans =
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Примечание
Полный список методов объекта MetaData см. в разделе Класс MetaData.