Пакет: bioma.data
Суперклассы:
Содержать метаданные из эксперимента с микрочипами
Класс MetaData предназначен для хранения метаданных (переменных значений и описаний) из эксперимента с микрочипами. Это удобный способ хранения связанных метаданных в одной структуре данных (объекте). Он также позволяет управлять данными и подбирать их.
Метаданные представляют собой набор имен переменных, например, связанных с образцами или элементами микрочипов, а также описания и значения переменных. Объект MetaData хранит метаданные в двух массивах наборов данных.
Массив наборов данных значений - массив наборов данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на образец или элемент. В этом массиве наборов данных столбцы соответствуют переменным, а строки - образцам или элементам. Число и имена столбцов в этом массиве наборов данных должны совпадать с числом и именами строк в массиве наборов данных Описания. Если этот массив наборов данных содержит метаданные образца, то количество и имена строк (образцов) должны совпадать с числом и именами столбцов в объектах DataMatrix в одном объекте ExpressionSet. Если этот массив наборов данных содержит метаданные элемента, то количество и имена строк (элементов) должны совпадать с числом и именами строк в объектах DataMatrix в одном объекте ExpressionSet.
Массив наборов данных описаний - массив наборов данных, содержащий список имен переменных и их описаний. В этом массиве наборов данных каждая строка соответствует переменной. Имена строк - это имена переменных и столбцов с именами VariableDescription, содержит описание переменной. Число и имена строк в массиве наборов данных Descriptions должны совпадать с числом и именами столбцов в массиве наборов данных Values.
Класс MetaData включает свойства и методы, позволяющие получать, извлекать и изменять переменные метаданных, а также их значения и описания. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа метаданных.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues)
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDescriptions)VarDescriptions - массив наборов данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строк - это имена переменных и другого столбца с именем VariableDescription, содержит описание каждой переменной.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDesc)VarDesc массив ячеек символьных векторов, содержащих описания переменных.
MDobj = bioma.data.MetaData(..., 'PropertyName', PropertyValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Path', PathValue)FileValue хранится.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Delimiter', DelimiterValue)FileValue. По умолчанию: '\t'.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'RowNames', RowNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'ColumnNames', ColumnNamesValue)ColumnNamesValue - массив ячеек символьных векторов, задающих имена заголовков столбцов. По умолчанию считываются все столбцы данных из таблицы, если первая строка содержит заголовки столбцов.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'VarDescChar', VarDescCharValue)VarDescCharValue для чтения в виде описаний и использования при создании VarDescriptions массив наборов данных. По умолчанию bioma.data.MetaData не считывает информацию описания переменной и не создает массив наборов данных Descriptions. Эти строки с префиксами должны отображаться в верхней части файла перед таблицей значений метаданных.
MDobj = bioma.data.MetaData(...'Name', NameValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'Description', DescriptionValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'SampleNames', SampleNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue, ...'VariableNames', VariableNamesValue)
|
Массив наборов данных, строки которого соответствуют именам образцов (наблюдений) и столбцы которых соответствуют переменным. Массив наборов данных содержит измеренное значение каждой переменной на образец или элемент. Номер и имена столбцов в |
|
Массив наборов данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строк - это имена переменных и столбцов с именами |
|
Массив ячеек символьных векторов, содержащих описания переменных. Количество элементов в |
|
Вектор символов, указывающий текстовый файл, содержащий таблицу метаданных. Метки строк таблицы должны быть именами образцов или элементов, а заголовки столбцов - именами переменных. Текстовый файл должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке (если не используется |
|
Вектор символов, указывающий папку или путь и папку, где |
|
Символьный вектор, указывающий символ разделителя для использования в качестве разделителя столбцов
|
|
Имена строк (примеры или имена элементов) для объекта MetaData, указанные одним из следующих параметров:
При указании По умолчанию: |
|
Массив ячеек символьных векторов, указывающих имена заголовков столбцов для указания столбцов данных, считываемых из таблицы. По умолчанию считываются все столбцы данных из таблицы, если первая строка содержит заголовки столбцов. Если в таблице нет заголовков столбцов, укажите |
|
Вектор символов, указывающий символ для префикса строк в таблице, которые должны считываться как описания и использоваться для создания |
|
Вектор символов, указывающий имя объекта MetaData. |
|
Символьный вектор, задающий описание объекта MetaData. |
|
Массив ячеек символьных векторов, задающих имена образцов для объекта MetaData. Количество элементов в массиве ячеек должно быть равно количеству выборок в объекте MetaData. Эти входные данные заменяют имена образцов из входного файла. По умолчанию используются имена образцов (имена строк) из входного файла. |
|
Массив ячеек символьных векторов, задающих имена переменных для объекта MetaData. Количество элементов в массиве ячеек должно быть равно количеству переменных в объекте MetaData. Эти входные данные заменяют имена переменных из входного файла. По умолчанию используются имена переменных (имена столбцов) из входного файла. |
|
Описание объекта MetaData. Символьный вектор, задающий описание объекта MetaData. По умолчанию: | ||
|
Метки строк и столбцов для объекта MetaData. Двухэлементный массив ячеек, содержащий векторы символов, определяющие метки строк и столбцов соответственно в объекте MetaData. По умолчанию: | ||
|
Имя объекта MetaData. Вектор символов, указывающий имя объекта MetaData. По умолчанию: | ||
|
Количество образцов (наблюдений) в эксперименте Положительное целое число, указывающее количество образцов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в Атрибуты:
| ||
|
Количество переменных в эксперименте Положительное целое число, указывающее количество переменных в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в Атрибуты:
|
| объединиться | Объединение двух объектов MetaData |
| isempty | Определение пустого объекта MetaData |
| sampleNames | Извлечение или установка имен образцов в объекте MetaData |
| размер | Возвращаемый размер объекта MetaData |
| varValuesTable | Создайте 2-й графический графический интерфейс пользователя стола переменных ценностей в объекте MetaData |
| variableDesc | Извлечение или установка описаний переменных для образцов в объекте MetaData |
| variableNames | Извлечение или установка имен переменных для образцов в объекте MetaData |
| variableValues | Извлечение или установка значений переменных для образцов в объекте MetaData |
Объект ExpressionSet содержит два объекта MetaData, один для информации о образцах и один для информации о свойствах микрочипов. Объект MetaData содержит два массива наборов данных. Один массив наборов данных содержит измеренное значение каждой переменной на образец или элемент. Другой массив наборов данных содержит список имен переменных и их описания.
Сведения об атрибутах классов см. в разделе Атрибуты классов.
Значение. Сведения о том, как это влияет на использование класса, см. в разделе Копирование объектов.
Объекты MetaData поддерживают индексирование 2-D скобками () и точками. индексирование для извлечения, назначения и удаления данных.
Объекты MetaData не поддерживают:
Индексирование фигурной скобки {}
Линейная индексация
Создайте объект MetaData, содержащий примеры информации о переменных из текстового файла:
% Import bioma.data package to make constructor function
% available
import bioma.data.*
% Construct MetaData object from .txt file
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#');
% Display information about the MetaData object
MDObj2
% Supply a description for the MetaData object
MDObj2.Description = 'This MetaData Object contains sample variable info.'bioma.data.ExptData | bioma.data.MetaData | bioma.data.MIAME | bioma.ExpressionSet | getgeodata