Класс: BioMap
Извлекать положения совмещения последовательностей чтения из BioMap объект
MatePos = getMatePosition(BioObj)
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)
MatePos = getMatePosition(BioObj)MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающий положения совмещения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности из BioMap объект.
MatePos = getMatePosition(BioObj,Subset)Subset.
|
Объект |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Если для указания используется массив заголовков ячеек |
|
Не все значения в |
Построить BioMap и затем извлеките положение совмещения для различных последовательностей в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the 17th element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(17)
ans =
'EAS114_32:5:78:583:499'
% Retrieve the MatePosition property of the 17th element in the object using the header
MatePos_17 = getMatePosition(BMObj1,{'EAS114_32:5:78:583:499'})MatePos_17 =
229
37Обратите внимание, что в предыдущем примере возвращено два положения совмещения. Это происходит потому, что заголовок EAS114_32:5:78:583:499 является повторяющимся заголовком в BMObj1 объект. getMatePosition возвращает совпадающие позиции для всех элементов в объекте с этим заголовком.
% Retrieve the MatePosition properties of the 37th and 47th elements in % the object MatePos_37_47 = getMatePosition(BMObj1, [37 47])
MatePos_37_47 =
95
283% Retrieve the MatePosition properties of all elements in the object MatePos_All = getMatePosition(BMObj1);
Альтернатива использованию getMatePosition метод заключается в использовании индексации точек с помощью MatePosition свойство:
BioObj.MatePosition(Indices)
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов или строковых векторов, содержащих заголовки последовательностей.