Класс: BioMap
Задать положения совмещения последовательностей чтения в BioMap объект
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition свойство имеет значение MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающий положения совмещения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности.
NewObj = setMatePosition(BioObj,MatePos,Subset)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с MatePosition свойство подмножества элементов, для которого установлено значение MatePosвектор неотрицательных целых чисел, задающий положения совмещения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. setMatePosition метод задает положения совмещения только для элементов объекта, указанных Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор неотрицательных целых чисел, задающий положения совмещения считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в |
|
Объект |
Построить BioMap объект, а затем задайте подмножество значений положения совмещения последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file and determine the header for the second element
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
BMObj1.Header(2)ans =
'EAS54_65:7:152:368:113'% Set the MatePosition property of the second element to a new value of 5
BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, 5, {'EAS54_65:7:152:368:113'});% Set the MatePosition properties of the first and third elements in % the object to 6 and 7 respectively BMObj1 = setMatePosition(BMObj1, [6 7], [1 3]);
% Set the MatePosition property of all elements in the object to zero y = zeros(1,BMObj1.NSeqs); BMObj1 = setMatePosition(BMObj1,y);
Альтернатива использованию setMatePosition метод обновления существующего объекта заключается в использовании индексации точек с помощью MatePosition свойство:
BioObj.MatePosition(Indices) = NewMatePos
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов, содержащих заголовки последовательностей. NewMatePos - вектор целых чисел, задающий совпадающие позиции считываемых последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. Indices и NewMatePos должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.