Класс: BioMap
Вычислить стоп-позиции выровненных последовательностей чтения из BioMap объект
Stop = getStop(BioObj)
Stop = getStop(BioObj, Subset)
Stop = getStop(BioObj)Stopвектор целых чисел, задающий положение остановки выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности из BioMap объект.
Stop = getStop(BioObj, Subset)Subset.
|
Объект |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Если для указания используется массив заголовков ячеек |
|
Вектор целых чисел, задающий стоп-позицию выровненных считанных последовательностей относительно номеров позиций в ссылочной последовательности. |
Построить BioMap и затем вычислить положение остановки для различных последовательностей в объекте:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Compute the stop position of the second sequence in the object
Stop_2 = getStop(BMObj1, 2)Stop_2 =
37% Compute the stop positions of the first and third sequences in % the object Stop_1_3 = getStop(BMObj1, [1 3])
Stop_1_3 =
36
39% Compute the stop positions of all sequences in the object Stop_All = getStop(BMObj1);