Exponenta Banner
exponenta event banner

setFlag

Класс: BioMap

Установка флагов последовательности чтения для BioMap объект

развернуть все на странице

Синтаксис

NewObj = setFlag (БиоObj, ФлагЗначения)
NewObj = setFlag (БиоObj, ФлагЗначения, Подмножество)

Описание

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues) прибыль NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с Flag свойство имеет значение FlagValuesвектор неотрицательных целых чисел, указывающий битовую информацию, которая указывает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM.

NewObj = setFlag(BioObj, FlagValues, Subset) устанавливает Flag свойства элементов, указанных Subset кому FlagValues.

Входные аргументы

развернуть все

Объект класса BioMap, указанный как BioMap объект

Примечание

Если BioObj был построен из BioIndexedFile объект, вы не можете установить его Flag собственность.

Значения флага SAM, заданные как вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания и указывает битовую информацию, которая указывает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты последовательности и выравнивания последовательности считывания.

Подмножество элементов в BioObj, указано как одно из следующих:

  • вектор положительных целых чисел

  • логический вектор

  • массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей

Примечание

Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в FlagValues и Subset. Если для указания используется массив заголовков ячеек Subset, следует иметь в виду, что повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

развернуть все

Объект класса BioMap, возвращенный как BioMap объект.

Примеры

развернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Создайте объект BioMap из файла SAM. Набор 'InMemory' true, чтобы разрешить изменение свойств объекта.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверьте значение флага SAM 5-й последовательности считывания.

bm.Flag(5)
ans = uint16
    137

Обновите значение флага.

bm2 = setFlag(bm,75,5);
bm2.Flag(5)
ans = uint16
    75

Обновите значения флага первого и третьего элементов.

bm3 = setFlag(bm,[0 0],[1 3]);
bm3.Flag(1)
ans = uint16
    0

bm3.Flag(3)
ans = uint16
    0

Альтернативы

Альтернатива использованию setFlag метод обновления существующего объекта заключается в использовании индексации точек с помощью Flag свойство:

BioObj.Flag(Indices) = NewFlag

В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов, содержащих заголовки последовательностей. NewFlag - вектор неотрицательных целых чисел, указывающий битовую информацию, которая указывает состояние каждого из 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания в BioMap объект. Indices и NewFlag должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка