Класс: BioMap
Извлечь флаги последовательности чтения из BioMap объект
Flag = getFlag(BioObj)
Flag = getFlag(BioObj, Subset)
Flag = getFlag(BioObj)Flagвектор неотрицательных целых чисел, указывающий битовую информацию, которая указывает состояние 11 флагов, описанных спецификацией формата SAM. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания из BioMap объект.
Flag = getFlag(BioObj, Subset)Subset.
|
Объект |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Если для указания используется массив заголовков ячеек |
|
Вектор неотрицательных целых чисел. Каждое целое число соответствует одной последовательности считывания и указывает битовую информацию, которая указывает состояние 11 флагов, описанных в спецификации формата SAM. Эти флаги описывают различные аспекты последовательности и выравнивания последовательности считывания. |
Построить BioMap и затем извлеките значения флага SAM для различных элементов объекта:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Retrieve integer specifying bit-wise information for 11
% SAM flags of the second element
flagValue = getFlag(BMObj1, 2)flagValue =
73% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of the first and third elements flagValues = getFlag(BMObj1, [1 3])
flagValues =
73
137% Retrieve integers specifying bit-wise information for 11 % SAM flags of all elements allFlagValues = getFlag(BMObj1);
% Determine the status of the fourth flag (mate is unmapped) % for the second element, which has a flag value of 73 bitget(73, 4)
ans =
1После использования getFlag для возврата целого числа, указывающего битовую информацию для флагов SAM, используйте bitget для определения состояния конкретного флага SAM. Дополнительные сведения см. в разделе Примеры.
Альтернатива использованию getFlag метод заключается в использовании индексации точек с помощью Flag свойство:
BioObj.Flag(Indices)
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов или строковых векторов, содержащих заголовки последовательностей.