Класс: BioMap
Установка показателей качества отображения последовательности для BioMap объект
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality)
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset)
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality свойство имеет значение MappingQualityвектор целых чисел, задающий показатели качества отображения для последовательностей считывания.
NewObj = setMappingQuality(BioObj, MappingQuality, Subset)NewObj, новый BioMap объект, построенный из BioObj, существующий BioMap объект, с MappingQuality свойство подмножества элементов, для которого установлено значение MappingQualityвектор целых чисел, задающий показатели качества отображения для последовательностей считывания. Он устанавливает показатели качества мэппинга только для элементов объекта, указанных в Subset.
|
Объект Примечание Если |
|
Вектор целых чисел, задающий показатели качества отображения для последовательностей считывания. |
|
Одно из следующих действий для указания подмножества элементов в
Примечание Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в |
|
Объект |
Построить BioMap объект, а затем задайте подмножество показателей качества отображения:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Mapping Quality property of the second element to a new
% value
BMObj1 = setMappingQuality(BMObj1, 74, 2);Обновление показателей качества сопоставления в существующем BioMap объект, использовать тот же объект, что и вход BioObj и выходные данные NewObj.
Альтернатива использованию setMappingQuality метод обновления существующего объекта заключается в использовании индексации точек с помощью MappingQuality свойство:
BioObj.MappingQuality(Indices) = NewMappingQuality
В предыдущем синтаксисе Indices - вектор положительных целых чисел или логический вектор. Indices не может быть массивом ячеек символьных векторов, содержащих заголовки последовательностей. NewMappingQuality - вектор целых чисел, задающий показатели качества отображения для считанных последовательностей. Indices и NewQuality должны иметь одинаковое количество и порядок элементов.