Exponenta Banner
exponenta event banner

setReference

Класс: BioMap

Задать имя ссылочной последовательности для BioMap объект

развернуть все на странице

Синтаксис

newObj = setReference (Obj, RefSeqName)
newObj = setReference (Obj, RefSeqName, индексы)

Описание

newObj = setReference(Obj,RefSeqName) возвращает новое BioMap объект newObj, построенный из существующего объекта Obj, с Reference свойство имеет значение RefSeqName, символьный вектор или строка, задающая имя ссылочной последовательности.

newObj = setReference(Obj,RefSeqName,Indices) устанавливает Reference свойства элементов, индексированных Indices кому RefSeqName.

Входные аргументы

развернуть все

Объект класса BioMap, указанный как BioMap объект.

Имя ссылочной последовательности, указанное как символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов.

Индексы к элементам входного объекта, задаваемые как положительное целое число, вектор положительных целых чисел, логический массив, символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов. Для символьных векторов или строк они должны соответствовать допустимым Header значения входного объекта Obj.

Выходные аргументы

развернуть все

Объект класса BioMap, возвращенный как BioMap объект.

Примеры

развернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Создайте объект BioMap из файла SAM. Набор 'InMemory' true, чтобы разрешить изменение свойств объекта.

bm = BioMap('ex2.sam','InMemory',true);

Проверьте ссылочную последовательность 5-ой последовательности считывания.

bm.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq1'}

Измените последовательность ссылок на другую в словаре последовательностей.

bm2 = setReference(bm,{'seq2'},5);
bm2.Reference(5)
ans = 1x1 cell array
    {'seq2'}

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка