Exponenta Banner
exponenta event banner

emblread

Считывание данных из файла EMBL

свернуть все на странице

Синтаксис

EMBLData = emblread(File)
EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue)
EMBLSeq = emblread (File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Входные аргументы

File

Одно из следующих действий:

  • Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл, на который имеется ссылка, имеет формат EMBL. Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке MATLAB.

  • Символьный вектор или строка, содержащая текст файла в формате EMBL

Совет

Вы можете использовать getembl функции с помощью 'ToFile' свойство для извлечения данных из базы данных Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) и создания файла в формате EMBL.

SequenceOnlyValueУправляет чтением только последовательности без метаданных. Варианты: true или false (по умолчанию).
TimeOutValueВремя ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.

Выходные аргументы

EMBLData Структура с полями, соответствующими данным EMBL.
EMBLSeqСимвольный вектор, представляющий последовательность.

Описание

EMBLData = emblread(File) считывает данные из File, файл в формате EMBL и создает EMBLDataструктура MATLAB, содержащая поля, соответствующие коду типа строки EMBL, основанному на версии 107 формата плоского файла EMBL-Bank. Каждый код типа строки сохраняется в структуре как отдельный элемент. Список двухсимвольных кодов типа строки EMBL см. в разделе ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/usrman.txt.

Примечание

Информация о топологии не была включена в плоские файлы EMBL до выпуска 87 базы данных. При чтении файла, созданного до выпуска 87, команда EMBLREAD возвращает пустой файл Identification.Topology поле.

Примечание

Имя записи больше не отображается в строке идентификатора плоских файлов EMBL в версии 87. При чтении файла, созданного в версии 87, EMBLREAD возвращает номер присоединения в Identification.EntryName поле.

EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue) управляет чтением только последовательности без метаданных. Варианты: true или false (по умолчанию).

EMBLSeq = emblread (File, 'TimeOut', TimeOutValue) задает время ожидания подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий

Загрузите информацию о последовательности из Интернета и сохраните ее в файле.

out = getembl('X00558','ToFile','rat_protein.txt');

Считывание данных из файла EMBL.

seqData = emblread('rat_protein.txt')

seqData = 

  struct with fields:

            Identification: [1×1 struct]
                 Accession: 'X00558'
           SequenceVersion: 'X00558.1'
               DateCreated: '13-JUN-1985  Rel. 06, Created '
               DateUpdated: '18-APR-2005  Rel. 83, Last updated, Version 4 '
               Description: 'Rat liver apolipoprotein A-I mRNA  apoA-I    ...'
                   Keyword: 'apolipoprotein; lipoprotein; signal peptide. ...'
           OrganismSpecies: 'Rattus norvegicus  Norway rat                ...'
    OrganismClassification: [3×75 char]
                 Organelle: ''
                 Reference: {[1×1 struct]}
    DatabaseCrossReference: [4×75 char]
                  Comments: ''
                  Assembly: ''
                   Feature: [22×75 char]
                 BaseCount: [1×1 struct]
                  Sequence: 'agctccgggggaggtcgcccacatccttcgggatgaaagctgcag...'

См. также

| | | | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка