Рисование линейной или круговой карты элементов из структуры GenBank
featureview(GBStructure)
featureview(GBStructure, FeatList)
featureview(GBStructure, FeatList, Levels)
featureview(GBStructure, Levels)
[Handles, OutFeatList] = featureview(...)
featureview(..., 'FontSize', FontSizeValue, ...)
featureview(..., 'ColorMap', ColorMapValue, ...)
featureview(..., 'Qualifiers', QualifiersValue, ...)
featureview(..., 'ShowPositions', ShowPositionsValue, ...)
| Структура GenBank ®, обычно созданная с помощью |
| Строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих имена элементов (из списка всех элементов в структуре GenBank) для включения в карту или исключения из нее.
По умолчанию |
| Вектор |
| Скаляр, задающий размер шрифта (точки) для аннотаций элементов. По умолчанию: |
| Матрица из трех столбцов для указания списка цветов, используемых для каждого элемента. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой и серебряный. В матрице каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец указывает соответственно красную, зеленую и синюю интенсивность. Допустимые значения интенсивности RGB: |
| Массив ячеек символьных векторов или строковых векторов для задания упорядоченного списка квалификаторов для поиска в структуре и использования в качестве аннотаций. Для каждого элемента для его аннотации используется первый соответствующий квалификатор, найденный в списке. Если элемент не содержит квалификаторов, аннотация для этого элемента не отображается. По умолчанию Совет Набор Совет Чтобы определить все квалификаторы, доступные для данной функции, выполните одно из следующих действий.
|
| Свойство для добавления положения последовательности к метке аннотации для каждого элемента. Войти |
featureview( создает линейную или круговую карту всех элементов из структуры GenBank, обычно созданную с помощью GBStructure)getgenbank или genbankread функция.
featureview( создает линейную или круговую карту подмножества элементов из структуры GenBank. GBStructure, FeatList)FeatList позволяет указать элементы (из списка всех элементов в структуре GenBank) для включения в карту или исключения из нее.
Если FeatList является массивом ячеек элементов, эти элементы отображаются. Любые функции в FeatList не найденные в структуре GenBank игнорируются.
Если FeatList включает '-' как первая строка в массиве ячеек, остальные строки (элементы) не отображаются.
По умолчанию FeatList - список всех функций в структуре GenBank.
featureview( или GBStructure, FeatList, Levels)featureview( указывает уровень на карте, на котором нарисован каждый элемент. Уровень 1 - самый левый (линейная карта) или самый внутренний (круговая карта) уровень и уровень GBStructure, Levels)N - самый правый (линейная карта) или самый внешний (круговая карта) уровень, где N - количество элементов.
Levels является вектором N целые числа, где N - количество элементов. Каждое целое число представляет уровень на карте для соответствующего элемента. Например, если Levels = [1, 1, 2, 3, 3]первые два элемента появляются на уровне 1, третий элемент - на уровне 2 и четвертый и пятый элементы - на уровне 3. По умолчанию Levels = [1:N].
[ возвращает список дескрипторов для каждой функции в Handles, OutFeatList] = featureview(...)OutFeatList. Также возвращается OutFeatList, который является массивом ячеек отображаемых элементов.
Совет
Использовать Handles и OutFeatList с legend для создания легенды элементов.
featureview(..., ' определяет дополнительные свойства, использующие пары имя/значение свойства в любом порядке. Эти пары имя/значение свойства следующие:PropertyName', PropertyValue, ...)
featureview(..., 'FontSize', задает размер шрифта (точки) для аннотаций элементов. Дефолт FontSizeValue, ...)FontSizeValue является 9.
featureview(..., 'ColorMap', задает список цветов, используемых для каждого элемента. Эта матрица заменяет матрицу по умолчанию, которая задает следующие цвета и порядок: синий, зеленый, красный, голубой, пурпурный, желтый, коричневый, светло-зеленый, оранжевый, фиолетовый, золотой и серебряный. ColorMapValue, ...)ColorMapValue является матрицей из трех столбцов, где каждая строка соответствует цвету, и каждый столбец задает соответственно красную, зеленую и синюю интенсивность. Допустимые значения интенсивности RGB: 0.0 кому 1.0.
featureview(..., 'Qualifiers', позволяет указать упорядоченный список квалификаторов для поиска и использования в качестве аннотаций. Для каждого элемента для его аннотации используется первый соответствующий квалификатор, найденный в списке. Если элемент не содержит квалификаторов, аннотация для этого элемента не отображается. QualifiersValue, ...)QualifiersValue - массив ячеек символьных векторов или строковых векторов. По умолчанию QualifiersValue = {'gene', 'product', 'locus_tag', 'note', 'db_xref', 'protein_id'}. Предоставьте свой собственный QualifiersValue чтобы ограничить или расширить список квалификаторов или изменить порядок поиска.
Совет
Набор QualifiersValue = {} для создания карты без аннотаций.
Совет
Чтобы определить все квалификаторы, доступные для данной функции, выполните одно из следующих действий.
Создайте карту, а затем щелкните элемент или его аннотацию, чтобы вывести список всех квалификаторов для этого элемента.
Используйте featureparse для разбора всех элементов в новую структуру и последующего использования команды fieldnames для вывода списка квалификаторов для определенного элемента.
featureview(..., 'ShowPositions', позволяет добавить положение последовательности к метке аннотации. Если ShowPositionsValue, ...)ShowPositionsValue является trueпозиции последовательности добавляются к меткам аннотаций. По умолчанию: false.
После создания карты:
Щелкните элемент или аннотацию, чтобы отобразить список всех квалификаторов для этого элемента.
Увеличьте масштаб графика, нажав следующие кнопки:
или 
В следующем примере создается круговая карта из пяти различных элементов, сопоставленных на трех уровнях. В нем также используются выходные данные featureview функция в качестве входных данных для legend для добавления легенды на карту.
GBStructure = getgenbank('J01415');
[Handles, OutFeatList] = featureview(GBStructure, ...
{'CDS','D_loop','mRNA','tRNA','rRNA'}, [1 2 2 2 3])
legend(Handles, OutFeatList, 'interpreter', 'none', ...
'location','bestoutside')
title('Human Mitochondrion, Complete Genome')
В следующем примере создается линейная карта, показывающая только генный признак. Он изменяет шрифт меток на семь точек и включает положение последовательности в метках.
herpes = getgenbank('NC_001348');
featureview(herpes,{'gene'},'fontsize',7,'showpositions',true)
title('Genes in Human herpesvirus 3 (strain Dumas)')
В следующем примере используется getgenbank создание структуры GenBank, GBStructure. Затем он использует featureparse функция для разбора элементов в структуре GenBank в новую структуру, features. Затем он использует fieldnames функция для возврата всех квалификаторов для одной из функций, D_loop.
GenBankStructure = getgenbank('J01415');
features = featureparse (GenBankStructure)
features =
source: [1x1 struct]
D_loop: [1x2 struct]
rep_origin: [1x3 struct]
repeat_unit: [1x4 struct]
misc_signal: [1x1 struct]
misc_RNA: [1x1 struct]
variation: [1x17 struct]
tRNA: [1x22 struct]
rRNA: [1x2 struct]
mRNA: [1x10 struct]
CDS: [1x13 struct]
conflict: [1x1 struct]
fieldnames(features.D_loop)
ans =
'Location'
'Indices'
'note'
'citation'