Анализ функций из данных GenBank, GenPept или EMBL
FeatStruct = featureparse(Features)
FeatStruct = featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue, ...)
FeatStruct = featureparse(Features, ...'Sequence', SequenceValue, ...)
Features | Любое из следующих действий:
|
FeatureValue | Имя элемента, содержащегося в Features. Если указано, featureparse возвращает только подструктуру, соответствующую этой функции. При наличии нескольких элементов с одним и тем же FeatureValue, то FeatStruct представляет собой массив структур. |
SequenceValue | Свойство для управления извлечением, когда это возможно, последовательностей, соответствующих каждой особенности, объединяя и дополняя части исходной последовательности и сохраняя их в Sequence поле возвращаемой структуры, FeatStruct. При извлечении последовательности из неполного элемента CDS featureparse использует codon_start квалификатор для настройки кадра последовательности. Варианты: true или false (по умолчанию). |
FeatStruct | Структура вывода, содержащая поле для каждой функции базы данных. Имя каждого поля в FeatStruct соответствует соответствующему имени функции в базе данных GenBank, GenPept или EMBL, с исключениями, перечисленными в таблице ниже. Поля в FeatStruct содержат подструктуры с квалификаторами элементов в качестве полей. В базах данных GenBank, GenPept и EMBL для каждой функции единственным обязательным классификатором является ее местоположение, которое featureparse переводится в поле Location. По возможности, featureparse также переводит это расположение в числовые индексы, создавая Indices поле.Примечание Если вы используете |
FeatStruct = featureparse(Features)Features, который содержит функции GenBank, GenPept или EMBL. Features может быть:
Символьный вектор или строка, содержащая функции GenBank, GenPept или EMBL
Массив символов MATLAB, включающий текст, описывающий функции GenBank, GenPept или EMBL
Структура MATLAB с полями, соответствующими данным GenBank, GenPept или EMBL, например, поля, возвращенные genbankread, genpeptread, emblread, getgenbank, getgenpept, или getembl
FeatStruct - структура вывода, содержащая поле для каждой функции базы данных. Имя каждого поля в FeatStruct соответствует соответствующему имени функции в базе данных GenBank, GenPept или EMBL со следующими исключениями.
| Имя функции в базе данных GenBank, GenPept или EMBL | Имя поля в структуре MATLAB |
|---|---|
-10_signal | minus_10_signal |
-35_signal | minus_35_signal |
3'UTR | three_prime_UTR |
3'clip | three_prime_clip |
5'UTR | five_prime_UTR |
5'clip | five_prime_clip |
D-loop | D_loop |
Поля в FeatStruct содержат подструктуры с квалификаторами элементов в качестве полей. В базах данных GenBank, GenPept и EMBL для каждой функции единственным обязательным классификатором является ее местоположение, которое featureparse переводится в поле Location. По возможности, featureparse также переводит это расположение в числовые индексы, создавая Indices поле.
Примечание
Если вы используете Indices для извлечения информации о последовательности может потребоваться дополнение последовательностей.
FeatStruct = featureparse (Features, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)featureparse с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
возвращает только подструктуру, которая соответствует FeatStruct = featureparse(Features, ...'Feature', FeatureValue, ...)FeatureValue, имя элемента, содержащегося в Features. При наличии нескольких элементов с одним и тем же FeatureValue, то FeatStruct представляет собой массив структур.
FeatStruct = featureparse(Features, ...'Sequence', SequenceValue, ...)Sequence. При извлечении последовательности из неполного элемента CDS featureparse использует codon_start квалификатор для настройки кадра последовательности. Варианты: true или false (по умолчанию).
Следующий пример получает все функции, сохраненные в файле GenBank nm175642.txt:
gbkStruct = genbankread('nm175642.txt');
features = featureparse(gbkStruct)
features =
source: [1x1 struct]
gene: [1x1 struct]
CDS: [1x1 struct]В следующем примере из базы данных GenBank получают только кодирующие последовательности (CDS) записи cosmid Caenorhabditis elegans (регистрационный номер Z92777):
worm = getgenbank('Z92777');
CDS = featureparse(worm,'feature','cds')
CDS =
1x12 struct array with fields:
Location
Indices
locus_tag
standard_name
note
codon_start
product
protein_id
db_xref
translation
Извлекают две нуклеотидные последовательности из базы данных GenBank для белка нейраминидазы (NA) двух штаммов вируса гриппа А (H5N1).
hk01 = getgenbank('AF509094');
vt04 = getgenbank('DQ094287');
Извлекают последовательность кодирующей области для белка нейраминидазы (NA) из двух нуклеотидных последовательностей. Последовательности кодирующих областей хранятся в Sequence поля возвращаемых структур, hk01_cds и vt04_cds.
hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true); vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
Как только вы извлекли нуклеотидные последовательности, вы можете использовать nt2aa и nwalign функции для выравнивания аминокислотных последовательностей, преобразованных из нуклеотидных последовательностей.
[sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
Тогда вы можете использовать seqinsertgaps функция для копирования зазоров из выровненных аминокислотных последовательностей в их соответствующие нуклеотидные последовательности, таким образом, выравнивая их кодонами.
hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:)) vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
После выравнивания кода между двумя последовательностями их можно использовать в качестве входных данных для других функций, таких как dnds, которая вычисляет скорости синонимических и несинонимических замен нуклеотидных последовательностей, выровненных по кодону. По настройке Verbose кому true, вы также можете отобразить кодоны, рассмотренные в вычислениях, и их аминокислотные трансляции.
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
emblread | genbankread | genpeptread | getgenbank | getgenpept