Получение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM
Tree = gethmmtree(PFAMName)
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)
Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue, ...)
Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue)
PFAMName | Вектор символов, указывающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'. |
PFAMAccessionNumber | Вектор символов, указывающий номер присоединения семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM. Например, 'PF00002'. |
PFAMNumber | Целое число, указывающее номер семейства белков записи профиля HMM в базе данных PFAM. Например, 2 - номер семейства белков для семейства белков PF0002. |
ToFileValue | Свойство для указания местоположения и имени файла для сохранения данных. Введите имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые системой (текстовый файл ASCII). |
TimeOutValue | Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь. |
Tree | Объект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков. |
Tree = gethmmtree(PFAMName)PFAMName, имя семейства белков, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)PFAMAccessionNumber, регистрационный номер семейства белков, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)PFAMNumber, целое число, выполняет поиск связанной записи в базе данных PFAM, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree(...'PropertyName', PropertyValue, ...)gethmmtree с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные из базы данных PFAM, в файле Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue.
Совет
Для загрузки 'seed' дерево, использование gethmmtree без каких-либо дополнительных входных аргументов. Чтобы получить 'full' дерево, вы можете использовать gethmmalignment для загрузки 'full' выравнивание и построение дерева с помощью seqpdist и seqneighjoin функции, как показано в следующем примере.
Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue)
Извлеките филогенетическое дерево, построенное из нескольких выровненных последовательностей, используемых для обучения модели профиля HMM для глобального выравнивания. Регистрационный номер ПФАМ PF00002 является для 7-трансмембранного рецепторного белка в семействе секретинов.
tree = gethmmtree('PF00002');
Восстановить 'full' дерево для одного семейства путем загрузки полного выравнивания нескольких последовательностей и построения дерева с помощью seqdist и seqneighjoin функции. На расчет дерева для многодетных семей может уйти значительное количество времени.
seqs = gethmmalignment('PF00002','type','full'); dis = seqpdist(seqs); tree = seqneighjoin(dis,'equivar',seqs);