Чтение файла филогенетического дерева
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
[Tree, Boot]= phytreeread(File)
File | Символьный вектор или строка, задающая имя файла дерева в формате Newick- или Nexus (текстовый файл ASCII), путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Для формата дерева Nexus только одно дерево из первого |
TimeOutValue | Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь. |
Tree |
|
Boot | Вектор столбца значений начальной загрузки для каждого узла дерева, указанного в
|
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
Формат дерева NEWICK можно найти по адресу:
Формат дерева NEXUS можно найти по адресу:
Примечание
Эта реализация допускает только двоичные деревья. Небанальные деревья преобразуются в бинарное дерево с дополнительными ветвями длиной 0.
[ прибыль Tree, Boot]= phytreeread(File)Boot, вектор столбца значений начальной загрузки для каждого узла дерева, указанного в File. Если File не указывает значение начальной загрузки для узла, оно возвращает значение NaN для этого узла. phytreeread учитывает следующие значения в File чтобы быть значениями начальной загрузки:
Значения в квадратных скобках ([]) после длин ветвей или конечных узлов (только для деревьев в формате Newick)
Значения, отображаемые вместо меток ветвей или конечных узлов (для деревьев в формате Newick- и Nexus)
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)tr2 = phytreeread('pf00002.nex')Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)