Построение филогенетического дерева методом соседнего соединения
PhyloTree = seqneighjoin(Distances)
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method)
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names)
PhyloTree = seqneighjoin(..., 'Reroot', RerootValue)
Distances | Матрица или вектор, содержащий биологические расстояния между парами последовательностей, такие как возвращаемые seqpdist функция. |
Method | Символьный вектор или строка, задающая метод вычисления расстояний между узлами. Варианты: 'equivar' (по умолчанию) или 'firstorder'. |
Names | Одно из следующих действий:
Distances. |
PhyloTree = seqneighjoin(Distances)PhyloTree, объект филогенетического дерева, от Distances, попарно расстояния между видами или продуктами, используя метод соединения соседей.
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method)Methodспособ вычисления расстояний между новыми узлами и всеми другими узлами в каждой итерации. Общее выражение для вычисления расстояний между новыми узлами, n, после присоединения i и j и все остальные узлы (k), задается
D(n,k) = a*D(i,k) + (1-a)*D(j,k) - a*D(n,i) - (1-a)*D(n,j)
Это выражение гарантированно найдет правильное дерево с аддитивными данными (минимальное уменьшение дисперсии).
Варианты для Method являются:
| Метод | Описание |
|---|---|
equivar (по умолчанию) | Предполагает равную дисперсию и независимость эволюционных оценок расстояния (a = 1/2), таких как в исходном алгоритме соединения соседей Saitou и Nei, JMBE (1987) или как в Studier и Keppler, JMBE (1988). |
firstorder | Предполагает модель первого порядка дисперсии и ковариации оценок эволюционных расстояний, с 'a' корректируется при каждой итерации до значения между 0 и 1, например в Гаскуэле, JMBE (1997). |
PhyloTree = seqneighjoin(Distances, Method, Names)Names, список имен (таких как виды или продукты) для маркировки листовых узлов в объекте филогенетического дерева.
указывает, следует ли перезапустить PhyloTree = seqneighjoin(..., 'Reroot', RerootValue)PhyloTree. Варианты: true (по умолчанию) или false. Когда RerootValue является false, seqneighjoin исключает повторную привязку результирующего дерева, что полезно для наблюдения за первоначальным порядком связывания, за которым следует алгоритм. По умолчанию seqneighjoin выполняет повторную загрузку результирующего дерева с использованием метода средней точки.
Создать массив структур, представляющих множественное выравнивание аминокислот:
seqs = fastaread('pf00002.fa');Измерьте попарные расстояния Джукса - Кантора между последовательностями.
distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');
Использовать выходной аргумент distancesвектор, содержащий биологические расстояния между каждой парой последовательностей, в качестве входного аргумента для seqneighjoin.
Создайте филогенетическое дерево для выравнивания нескольких последовательностей с помощью алгоритма соединения соседей. Укажите метод вычисления расстояний между новыми узлами и всеми другими узлами.
phylotree = seqneighjoin(distances,'equivar',seqs)Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)
Просмотр филогенетического дерева:
view(phylotree)
[1] Сайту, Н. и Ней, М. (1987). Метод соединения соседей: новый метод реконструкции филогенетических деревьев. Молекулярная биология и эволюция 4 (4), 406-425.
[2] Гаскуэль, О. (1997). BIONJ: Улучшенная версия алгоритма NJ, основанная на простой модели данных последовательности. Молекулярная биология и эволюция 14 685-695.
[3] Studier, J.A., Keppler, K.J. (1988). Заметка об алгоритме соединения соседей Сайту и Неи. Молекулярная биология и эволюция 5 (6) 729-731 .
cluster | multialign | phytree | plot | reroot | seqlinkage | seqpdist | view