Exponenta Banner
exponenta event banner

Филогенетический анализ

Реконструировать, просматривать, взаимодействовать и редактировать филогенетические деревья; методы начальной загрузки для оценки достоверности; синонимичный и несинонимичный анализ

Приложения

Филогенетическое деревоВизуализация, редактирование и изучение данных филогенетического дерева

Функции

seqlinkageПостроение филогенетического дерева из попарных расстояний
seqneighjoinПостроение филогенетического дерева методом соседнего соединения
seqpdistВычисление попарного расстояния между последовательностями
phytreeviewerВизуализация, редактирование и изучение данных филогенетического дерева
dndsОценка синонимичных и несинонимичных показателей замещения
dndsmlОценка синонимичных и несинонимичных коэффициентов замещения с использованием метода максимального правдоподобия
gethmmtreeПолучение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM
seqinsertgapsВставка зазоров в нуклеотидную или аминокислотную последовательность

Классы

phytreeСоздание фитообъекта
phytree objectСтруктура данных, содержащая филогенетическое дерево

Темы

Филогенетический анализ

Филогенетический анализ - это процесс, который используется для определения эволюционных отношений между организмами.

Использование приложения филогенетического дерева

Описание команд меню и функций для создания публикуемых рисунков дерева.

Последовательность утилит и статистики

Вы можете манипулировать и анализировать ваши последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.

Характерные примеры

Building a Phylogenetic Tree for the Hominidae Species

Построение филогенетического дерева для видов Hominidae

Конструировать филогенетические деревья из последовательностей мтДНК для таксонов Hominidae (также известных как pongidae). Эта семья охватывает горилл, шимпанзе, орангутанов и людей.

Открыть сценарий
Analyzing the Origin of the Human Immunodeficiency Virus

Анализ происхождения вируса иммунодефицита человека

Построить филогенетические деревья из множества штаммов вирусов ВИЧ и SIV.

Открыть сценарий
Reconstructing the Origin and the Diffusion of the SARS Epidemic

Реконструкция происхождения и распространения эпидемии ОРВИ

Анализ происхождения и распространения эпидемии ОРВИ. Он основан на обсуждении вирусной филогении, представленной в главе 7 "Введение в вычислительную геномику. Подход к тематическим исследованиям "[1].

Открыть сценарий
Bootstrapping Phylogenetic Trees

Загрузка филогенетических деревьев

Создание загрузочных реплик последовательностей ДНК. Данные, генерируемые при начальной загрузке, используются для оценки достоверности ветвей филогенетического дерева.

Открыть сценарий в реальном времени
Analyzing the Human Distal Gut Microbiome

Анализ дистального кишечного микробиома человека

Несколько способов визуализации результатов функционального метагеномного анализа. Обсуждение основано на двух исследованиях, посвященных метагеномному анализу микробиома дистального кишечника человека.

Открыть сценарий
Using Scoring Matrices to Measure Evolutionary Distance

Использование матриц оценки для измерения эволюционного расстояния

Обработка матриц оценки с помощью инструментов выравнивания последовательности. В примере используются белки, связанные с ретинобластомой, заболеванием, вызванным опухолью, которая развивается из незрелой сетчатки.

Открыть сценарий в реальном времени

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка