Оценка скрытых параметров марковской модели (HMM) профиля с помощью псевдокоунт
hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName',PropertyValue,...) hmmprofestimate(..., 'A',AValue) hmmprofestimate(..., 'Ax',AxValue) hmmprofestimate(..., 'BE',BEValue) hmmprofestimate(..., 'BDx',BDxValue)
Model | Скрытая модель Маркова, созданная с помощью функции |
| Массив последовательностей. |
A | Свойство для установки веса псевдокоунта A. Значение по умолчанию: |
Ax | Свойство для установки псевдокоунтового веса Ax. Значение по умолчанию - 20. |
BE | Свойство для установки вероятностей излучения фонового символа. Значения по умолчанию берутся из |
BMx | Свойство для установки вероятности фонового перехода из любого состояния MATCH ([ |
BDx | Свойство для установки вероятности фонового перехода из любого состояния DELETE ([ |
hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment, ' возвращает структуру с полями, содержащими обновленные оценочные параметры профиля HMM. Вероятности испускания символов и перехода состояний оцениваются с использованием вещественных счетчиков и взвешенных псевдокоунт, полученных с фоновыми вероятностями. Вес по умолчанию: PropertyName', PropertyValue...)A=20, излучение фонового символа по умолчанию для состояний соответствия и вставки берется из Model.NullEmissionи вероятности фонового перехода по умолчанию те же, что и вероятности перехода по умолчанию, возвращенные hmmprofstruct.
Конструкция модели: Несколько выровненных последовательностей должны содержать прописные буквы и тире, указывающие состояния модели MATCH и DELETE, с которыми они согласны Model.ModelLength. Если отсутствует аннотация состояния модели, но MultipleAlignment выравнивается по пространству, затем для выбора используется критерий «максимальной энтропии» Model.ModelLength штатов.
Примечание
Вероятности перехода вставки и фланцевой вставки не оцениваются, но могут быть впоследствии изменены с помощью hmmprofstruct.
hmmprofestimate(..., 'A', устанавливает вес псевдокомунта AValue)A = Avalue при оценке вероятностей излучения символов. Значение по умолчанию: 20.
hmmprofestimate(...,'Ax', устанавливает вес псевдокомунта AxValue)Ax = Axvalue при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию - 20.
hmmprofestimate(...,'BE', устанавливает вероятности излучения фонового символа. Значения по умолчанию берутся из BEValue)Model.NullEmission.
hmmprofestimate(...,'BMx', устанавливает вероятности фонового перехода из любого состояния MATCH ([BMxValue)M->M M->I M->D]). Значения по умолчанию берутся из hmmprofstruct.
hmmprofestimate(..., 'BDx', устанавливает вероятности фонового перехода из любого состояния DELETE ([BDxValue)D->M D->D]). Значения по умолчанию берутся из hmmprofstruct.