Создание случайной последовательности на основе скрытой модели Маркова профиля (HMM)
Sequence = hmmprofgenerate(Model)
[Sequence, Profptr] = hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Align', AlignValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)
Model | Скрытая модель Маркова, созданная с помощью |
AlignValue | Управляет использованием прописных букв для совпадений и строчных букв для вставленных букв. Варианты: |
FlanksValue | Управляет включением символов, генерируемых состояниями FLANKING INSERT, в выходную последовательность. Варианты: |
SignatureValue | Управляет возвратом наиболее вероятного пути и символов. Варианты: |
Sequence = hmmprofgenerate(Model)Model. Длина, алфавит и вероятности Model хранятся в структуре. Дополнительные сведения об этой структуре см. в разделе hmmprofstruct.
[ возвращает вектор той же длины, что и модель профиля, указывающий на соответствующие состояния в выходной последовательности. Нулевые указатели (0) означают, что такие состояния не существуют в выходной последовательности либо потому, что они никогда не затрагиваются (т.е. переходы из состояния BEGIN в состояние MATCH или из состояния MATCH в состояние END), либо потому, что состояния DELETE не находятся в выходной последовательности (не выровненные выходные данные; см. ниже).Sequence, Profptr] = hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate( требования Model, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)hmmprofgenerate с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не чувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Align', AlignValue, ...)Align является true, выходная последовательность выравнивается по модели следующим образом: прописные буквы и тире соответствуют состояниям MATCH и DELETE соответственно (объединенный отсчет равен количеству состояний в модели). Строчные буквы выдаются состояниями INSERT или FLANKING INSERT. Если AlignValue является false, выходной сигнал представляет собой последовательность символов верхнего регистра. Значение по умолчанию: true.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)Flanks является true, выходная последовательность включает в себя символы, генерируемые состояниями FLANKING INSERT. Значение по умолчанию: false.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)SignatureValue является trueвозвращает наиболее вероятный путь и символы. Значение по умолчанию: false.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') % load a model example
rand_sequence = hmmprofgenerate(model_7tm_2)