Преобразование аминокислотной последовательности из целочисленного в буквенное представление
SeqChar = int2aa(SeqInt)
SeqChar = int2aa(SeqInt, 'Case', CaseValue)
SeqInt | Вектор ряда целых чисел, указывающий аминокислотную последовательность. Допустимые целые числа см. в таблице Отображение аминокислотных целых чисел в буквенные коды. Целые числа произвольно присваиваются буквам IUB/IUPAC. |
CaseValue | Символьный вектор или строка, задающая верхний или нижний регистр. Варианты: 'upper' (по умолчанию) или 'lower'. |
SeqChar | Аминокислотная последовательность, определяемая символьным вектором однобуквенных кодов. |
SeqChar = int2aa(SeqInt)SeqInt, вектор ряда целых чисел, указывающий аминокислотную последовательность, SeqCharсимвольный вектор или строка однобуквенных кодов, задающих одну и ту же аминокислотную последовательность. Допустимые целые числа см. в таблице Отображение аминокислотных целых чисел в буквенные коды.
SeqChar = int2aa(SeqInt, 'Case', CaseValue)'upper' (по умолчанию) или 'lower'.
Отображение аминокислотных целых чисел в буквенные коды
| Аминокислота | Целое число | Кодекс |
|---|---|---|
| Аланин | 1 | A |
| Аргинин | 2 | R |
| Аспарагин | 3 | N |
| Аспарагиновая кислота (аспартат) | 4 | D |
| Цистеин | 5 | C |
| Глютамин | 6 | Q |
| Глутаминовая кислота (глутамат) | 7 | E |
| Глицин | 8 | G |
| Гистидин | 9 | H |
| Изолейцин | 10 | I |
| Лейцин | 11 | L |
| Лизин | 12 | K |
| Метионин | 13 | M |
| Фенилаланин | 14 | F |
| Пролин | 15 | P |
| Серин | 16 | S |
| Треонин | 17 | T |
| Триптофан | 18 | W |
| Тирозин | 19 | Y |
| Валин | 20 | V |
| Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат) | 21 | B |
| Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат) | 22 | Z |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | 23 | X |
| Остановка перевода | 24 | * |
| Разрыв неопределенной длины | 25 | - |
| Неизвестно (любое целое число, отсутствующее в таблице) | 0 или ≥ 26 | ? |
Преобразование аминокислотной последовательности из целочисленного в буквенное представление.
s = int2aa([13 1 17 11 1 21]) s = MATLAB
aa2int | aminolookup | int2nt | isotopicdist | nt2int