аминопоиск

Найти аминокислотные коды, целые числа, сокращения, названия и кодоны

Синтаксис

aminolookup aminolookup(SeqAA) aminolookup('Code', CodeValue) aminolookup('Integer', IntegerValue) aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue) aminolookup('Name', NameValue)

Аргументы

`SeqAA`	Символьный вектор или строка, содержащая однобуквенные коды или трехбуквенные сокращения, представляющие аминокислотную последовательность. Допустимые коды и сокращения см. в таблице Аминокислотный поиск.
`CodeValue`	Символьный вектор или строка, указывающая однобуквенный код, представляющий аминокислоту. Допустимые однобуквенные коды см. в таблице Аминокислотный поиск.
`IntegerValue`	Одно целое число, представляющее аминокислоту. Допустимые целые числа см. в таблице Аминокислотный поиск.
`AbbreviationValue`	Символьный вектор или строка, обозначающая трехбуквенное сокращение, представляющее аминокислоту. Допустимые трехбуквенные сокращения см. в таблице Аминокислотный поиск.
`NameValue`	Символьный вектор или строка, указывающая имя аминокислоты. Допустимые названия аминокислот см. в таблице Аминокислотный поиск.

Описание

aminolookup отображает таблицу аминокислотных кодов, целых чисел, сокращений, имен и кодонов.

Аминокислотный поиск

Кодекс	Целое число	Сокращение	Название аминокислоты	Кодоны
`A`	`1`	`Ala`	Аланин	`GCU GCC GCA GCG`
`R`	`2`	`Arg`	Аргинин	`CGU CGC CGA CGG AGA AGG`
`N`	`3`	`Asn`	Аспарагин	`AAU AAC`
`D`	`4`	`Asp`	Аспарагиновая кислота (аспартат)	`GAU GAC`
`C`	`5`	`Cys`	Цистеин	`UGU UGC`
`Q`	`6`	`Gln`	Глютамин	`CAA CAG`
`E`	`7`	`Glu`	Глутаминовая кислота (глутамат)	`GAA GAG`
`G`	`8`	`Gly`	Глицин	`GGU GGC GGA GGG`
`H`	`9`	`His`	Гистидин	`CAU CAC`
`I`	`10`	`Ile`	Изолейцин	`AUU AUC AUA`
`L`	`11`	`Leu`	Лейцин	`UUA UUG CUU CUC CUA CUG`
`K`	`12`	`Lys`	Лизин	`AAA AAG`
`M`	`13`	`Met`	Метионин	`AUG`
`F`	`14`	`Phe`	Фенилаланин	`UUU UUC`
`P`	`15`	`Pro`	Пролин	`CCU CCC CCA CCG`
`S`	`16`	`Ser`	Серин	`UCU UCC UCA UCG AGU AGC`
`T`	`17`	`Thr`	Треонин	`ACU ACC ACA ACG`
`W`	`18`	`Trp`	Триптофан	`UGG`
`Y`	`19`	`Tyr`	Тирозин	`UAU UAC`
`V`	`20`	`Val`	Валин	`GUU GUC GUA GUG`
`B`	`21`	`Asx`	Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат)	`AAU AAC GAU GAC`
`Z`	`22`	`Glx`	Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат)	`CAA CAG GAA GAG`
`X`	`23`	`Xaa`	Любая аминокислота	Все кодоны
`*`	`24`	`END`	Терминальный кодон (остановка трансляции)	`UAA UAG UGA`
`-`	`25`	`GAP`	Промежуток неизвестной длины	`NA`

aminolookup(SeqAA) преобразуется между однобуквенными кодами и трехбуквенными сокращениями для аминокислотной последовательности. Если вход является символьным вектором или строкой однобуквенных кодов, то выход является символьным вектором трёхбуквенных сокращений. Если вход является символьным вектором или строкой трёхбуквенных сокращений, то выход является символьным вектором соответствующих однобуквенных кодов.

При вводе одного из неоднозначных однобуквенных кодов B, Z, или X, эта функция отображает соответствующее сокращение для неоднозначного аминокислотного символа.

aminolookup('abc')

ans =

AlaAsxCys

aminolookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее аминокислотное трехбуквенное сокращение и название.

aminolookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий аминокислотный однобуквенный код, трехбуквенное сокращение и название.

aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue) отображает соответствующий аминокислотный однобуквенный код и имя.

aminolookup('Name', NameValue) отображает соответствующий аминокислотный однобуквенный код и трехбуквенное сокращение.

Примеры

свернуть все

Преобразование аминокислотной последовательности в однобуквенные или трехбуквенные сокращения

Открыть сценарий в реальном времени

Преобразовать аминокислотную последовательность в однобуквенных кодах в соответствующие трёхбуквенные сокращения.

aminolookup('MWKQAEDIRDIYDF')

ans = 
'MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe'

Преобразование аминокислотной последовательности в трехбуквенных сокращениях в соответствующие однобуквенные коды.

aminolookup('MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe')

ans = 
'MWKQAEDIRDIYDF'

Отображение трехбуквенной аббревиатуры и названия аминокислоты, соответствующей однобуквенному коду R.

aminolookup('Code', 'R')

ans = 
    'Arg	Arginine
     '

Отображение однобуквенного кода, трехбуквенной аббревиатуры и имени аминокислоты, соответствующей целому числу 1.

aminolookup('Integer', 1)

ans = 
    'A	Ala	Alanine
     '

Отображение однобуквенного кода и имени аминокислоты, соответствующей трехбуквенной аббревиатуре asn.

aminolookup('Abbreviation', 'asn')

ans = 
    'N	Asparagine
     '

Отображение однобуквенного кода и трехбуквенной аббревиатуры для аминокислотного пролина.

aminolookup('Name','proline')

ans = 
    'P	Pro
     '

См. также

Представлен до R2006a

Документация