палиндромы

Найти палиндромы в последовательности

Синтаксис

[Position, Length] = palindromes(SeqNT) [Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT) ... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...) ... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...)

Аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Символьный вектор или строка, задающая нуклеотидную последовательность. Допустимые коды букв см. в таблице Отображение кодов нуклеотидных букв на целые числа. Вектор ряда целых чисел, определяющих нуклеотидную последовательность. Допустимые целые числа см. в таблице Отображение нуклеотидных целых чисел в буквенные коды. Структура MATLAB ®, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `emblread`, `fastaread`, `fastqread`, `genbankread`, `getembl`, или `getgenbank`.
`LengthValue`	Целое число, указывающее минимальную длину палиндромов. По умолчанию: `6`.
`ComplementValue`	Управляет возвратом комплементарных палиндромов, то есть там, где элементы совпадают с их комплементарными парами `A-T` (или `U`) и `C-G` вместо точного нуклеотидного совпадения. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Описание

[Position, Length] = palindromes(SeqNT) находит все палиндромы в последовательности SeqNT с длиной больше или равной 6и возвращает начальные индексы, Positionи длины палиндромов, Length.

[Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT) также возвращает массив ячеек, Pal, палиндромов.

... = palindromes(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования palindromes с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...) находит все палиндромы длиннее или равны LengthValue. По умолчанию: 6.

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...) управляет возвратом комплементарных палиндромов, то есть там, где элементы совпадают с их комплементарными парами A-T (или A-U) и C-G вместо точного нуклеотидного совпадения. Варианты для ComplementValue являются true или false (по умолчанию).

Примеры

Найдите палиндромы в простой нуклеотидной последовательности.

[p,l,s] = palindromes('GCTAGTAACGTATATATAAT')

p =
    11
    12
l =
     7
     7
s = 
    'TATATAT'
    'ATATATA'

Найдите комплементарные палиндромы в простой нуклеотидной последовательности.

[pc,lc,sc] = palindromes('TAGCTTGTCACTGAGGCCA',...
                         'Complement',true)
pc =
     8
lc =
     7
sc = 
    'TCACTGA'

Найдите палиндромы в случайной нуклеотидной последовательности.

a = randseq(100)

a =
TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
AAGCAAGCTCCTGAGTAGCTGGCCA
AGCGAGCTTGCTTGTGCCCGGCTGC
GGCGGTTGTATCCTGAATACGCCAT

[pos,len,pal]=palindromes(a)

pos =
    74
len =
     6
pal = 
    'GCGGCG'

См. также

regexp | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | strfind

Представлен до R2006a

Документация