Считывание данных из файла FASTQ
FASTQStruct = fastqread(File)
[Header, Sequence] = fastqread(File)
[Header, Sequence, Qual] = fastqread(File)
fastqread(..., 'Blockread', BlockreadValue, ...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', HeaderOnlyValue, ...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', TrimHeadersValue, ...)
FASTQStruct = fastqread(File)
[ возвращает только данные заголовка и последовательности в двух отдельных переменных.Header, Sequence] = fastqread(File)
[ возвращает данные в трех отдельных переменных.Header, Sequence, Qual] = fastqread(File)
fastqread(..., ' требования PropertyName', PropertyValue, ...)fastqread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключить каждый PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName нечувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:
fastqread(..., 'Blockread', считывает одну запись последовательности или блок записей последовательности из файла в формате FASTQ, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue, ...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', указывает, следует ли возвращать только информацию заголовка. HeaderOnlyValue, ...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', указывает, следует ли обрезать заголовок до первого пробела. TrimHeadersValue, ...)
|
Одно из следующих действий:
|
|
Скаляр или вектор, который управляет считыванием одной записи последовательности или блока записей последовательности из файла в формате FASTQ, содержащего несколько последовательностей. Введите скаляр |
|
Указывает, следует ли возвращать только информацию заголовка. Варианты: |
|
Указывает, следует ли обрезать заголовок после первого символа пробела. Символы пробела включают пробел (символ (32)) и табуляцию (символ (9)). Варианты: |
|
Массив структур, содержащих информацию из файла в формате FASTQ. Существует одна структура для каждой последовательности чтения или записи в файле. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию заголовка, или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию заголовка. | ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию о последовательности, или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о последовательности. | ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию о качестве, или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о качестве. |
Считывайте файл FASTQ в массив структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq')
reads =
1x50 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityСчитывайте файл FASTQ в три отдельные переменные:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% three separate variables
[headers,seqs,quals] = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');Считывание блока записей из файла FASTQ:
% Read the contents of reads 5 through 10 into
% an array of structures
reads_5_10 = fastqread('SRR005164_1_50.fastq', 'blockread', [5 10])
1x6 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityBioIndexedFile | BioRead | fastainfo | fastaread | fastawrite | fastqinfo | fastqread | fastqwrite | saminfo | samread | sffinfo | sffread