Класс: BioIndexedFile
Чтение одной или нескольких записей из исходного файла, связанного с объектом BioIndexedFile
Output = read(BioIFobj, Indices)
Output = read(BioIFobj, Key)
Output = read(BioIFobj, Indices)Indices из исходного файла, связанного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Indices - вектор положительных целых чисел, задающий индексы для записей в исходном файле. read считывает и анализирует записи с помощью функции, указанной Interpreter свойства объекта BioIndexedFile. Существует взаимосвязь «один к одному» между числом и порядком элементов в Indices и Output, даже если Indices имеет повторяющиеся записи. Output - структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора.
Output = read(BioIFobj, Key)Key из исходного файла, связанного с BioIFobj, объект BioIndexedFile. Key - символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько клавиш для записей в исходном файле. read считывает и анализирует записи с помощью функции, указанной Interpreter свойства объекта BioIndexedFile. Если ключи в исходном файле не уникальны, read считывает все записи, соответствующие указанному ключу, все в позиции ключа в Key массив ячеек. Если ключи в исходном файле уникальны, существует взаимосвязь «один к одному» между количеством и порядком элементов в Key и Output.
|
Объект |
|
Вектор положительных целых чисел, указывающий индексы для записей в исходном файле, связанном с |
|
Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько ключей в исходном файле. |
|
Структура или массив структур, содержащих проанализированные данные, возвращенные функцией интерпретатора. |
Построить объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами генной онтологии (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Прочитайте термин GO из всех записей, которые связаны с YAT2 гена:
% Access entries that have the string YAT2 in their keys YAT2_entries = getEntryByKey(gene2goObj, 'YAT2'); % Adjust the object interpreter to return only the column % containing the GO term gene2goObj.Interpreter = @(x) regexp(x,'GO:\d+','match') % Parse the entries with a key of YAT2 and return all GO terms % from those entries GO_YAT2_entries = read(gene2goObj, 'YAT2')
GO_YAT2_entries = 'GO:0004092' 'GO:0005737' 'GO:0006066' 'GO:0006066' 'GO:0009437'
Перед использованием read , убедитесь, что Interpreter свойство объекта BioIndexedFile задано соответствующим образом. Interpreter свойство является дескриптором функции, которая анализирует записи в исходном файле. Функция интерпретатора должна принимать символьный вектор одной или более конкатенированных записей и возвращать структуру или массив структур, содержащих интерпретируемые данные.
Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла со специфичным для приложения форматом, таким как 'SAM', 'FASTQ', или 'FASTA', значение по умолчанию Interpreter свойство является дескриптором функции, подходящей для данного типа файла, и обычно не требует его изменения. Если объект BioIndexedFile был создан из исходного файла с 'TABLE', 'MRTAB', или 'FLAT' формат, затем значение по умолчанию Interpreter свойство - [], что означает, что интерпретатор является анонимной функцией, в которой выходной сигнал эквивалентен входному сигналу.
Для получения информации о настройке Interpreter свойство, см. BioIndexedFile класс.