Класс: BioIndexedFile
Создать объект, содержащий подмножество элементов из объекта BioIndexedFile
NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices)
NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys)
NewObj = getSubset(BioIFObj, Indices)NewObj, новый объект BioIndexedFile, который обращается к подмножеству записей в исходном файле, связанном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи указаны Indicesвектор, содержащий уникальные положительные целые числа.
NewObj = getSubset(BioIFObj, Keys)NewObj, новый объект BioIndexedFile, который обращается к подмножеству записей в исходном файле, связанном с BioIFObj, объект BioIndexedFile. Записи указаны Keys, символьный вектор или массив ячеек уникальных символьных векторов, задающих клавиши.
|
Объект |
|
Вектор, содержащий уникальные положительные целые числа, указывающие записи в исходном файле для доступа с помощью |
|
Символьный вектор или массив уникальных символьных векторов, задающих ключи, которые задают записи в исходном файле для доступа с помощью |
|
Объект |
Построить объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами генной онтологии (GO):
% Create a variable containing the full absolute path of the source file.
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Создайте новый объект BioIndexedFile, который получает доступ только к первой 1000 перекрестных ссылок и повторно использует тот же индексный файл, что и gene2goObj:
% Create a new BioIndexedFile object. gene2goSubset = getSubset(gene2goObj,1:1000);
Этот метод используется для создания меньшего, более управляемого объекта BioIndexedFile.