Логотип отображаемой последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей
seqlogo(Seqs)
seqlogo(Profile)
WgtMatrix = seqlogo(...)
[WgtMatrix, Handle] = seqlogo(...)
seqlogo(..., 'Displaylogo', DisplaylogoValue, ...)
seqlogo(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...)
seqlogo(..., 'Startat', StartatValue, ...)
seqlogo(..., 'Endat', EndatValue, ...)
seqlogo(..., 'SSCorrection', SSCorrectionValue, ...)
Seqs | Набор попарных или мультипликационных выровненных нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, представленных любым из следующих:
|
Profile | Матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца во множественном выравнивании, такая как возвращаемая Размер матрицы распределения частот:
Если пробелы были включены, |
DisplaylogoValue | Управление отображением логотипа последовательности. Варианты: |
AlphabetValue | Символьный вектор или строка, указывающая тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Варианты: |
StartatValue | Положительное целое число, указывающее начальную позицию для последовательностей в |
EndatValue | Положительное целое число, указывающее конечную позицию для последовательностей в |
SSCorrectionValue | Управляет использованием малой коррекции выборки при оценке количества битов. Варианты: |
WgtMatrix | Массив ячеек, содержащий список символов в Seqs или Profile и весовую матрицу, используемую для графического отображения логотипа последовательности. |
Handle | Перейдите к рисунку логотипа последовательности. |
seqlogo( отображает логотип последовательности для Seqs)Seqsнабор выровненных последовательностей. Логотип графически отображает сохранение последовательности в определенном положении при выравнивании последовательностей, измеренное битами. Максимальное сохранение последовательности на сайте: log2(4) биты для нуклеотидных последовательностей и log2(20) биты для аминокислотных последовательностей. Если значение сохранения последовательности равно нулю или является отрицательным, логотип в этом положении не отображается.
seqlogo( отображает логотип последовательности для Profile)Profileматрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца во множественном выравнивании, такая как возвращаемая seqprofile функция.
Цветовой код для нуклеотидов
| Нуклеотид | Цвет |
|---|---|
A | Зеленый |
C | Синий |
G | Желтый |
T, U | Красный |
| Другое | Фиолетовый |
Цветовой код для аминокислот
| Аминокислота | Химическая собственность | Цвет |
|---|---|---|
G S T Y C Q N | Полярный | Зеленый |
A V L I P W F M | Гидрофобный | Оранжевый |
D E | Кислый | Красный |
K R H | Основной | Синий |
| Другое | — | Загар |
WgtMatrix = seqlogo(...)Seqs или Profileи матрица весов информации, используемая для графического отображения логотипа.
[ возвращает маркер к рисунку логотипа последовательности. WgtMatrix, Handle] = seqlogo(...)
seqlogo( требования Seqs, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)seqpdist с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
seqlogo(..., 'Displaylogo', управляет отображением логотипа последовательности. Варианты: DisplaylogoValue, ...)true (по умолчанию) или false.
seqlogo(..., 'Alphabet', определяет тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Варианты: AlphabetValue, ...)'NT' (по умолчанию) или'AA'.
Примечание
Если вы предоставляете аминокислотные последовательности seqlogo, необходимо установить Alphabet кому 'AA'.
seqlogo(..., 'Startat', задает начальную позицию для последовательностей в StartatValue, ...)Seqs. Начальное положение по умолчанию - 1.
seqlogo(..., 'Endat', указывает конечную позицию для последовательностей в EndatValue, ...)Seqs. Конечная позиция по умолчанию - максимальная длина последовательностей в Seqs.
seqlogo(..., 'SSCorrection', управляет использованием малой коррекции выборки при оценке количества битов. Варианты: SSCorrectionValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Примечание
Простое вычисление битов имеет тенденцию переоценивать сохранение в конкретном местоположении. Чтобы компенсировать эту завышенную оценку, когда SSCorrection имеет значение trueгрубая оценка применяется в качестве приблизительной коррекции. Эта коррекция работает лучше, когда число последовательностей больше 50.
В этом примере показано, как отображать логотип последовательности для набора выровненных нуклеотидных последовательностей.
Создать ряд выровненных нуклеотидных последовательностей.
S = {'ATTATAGCAAACTA',...
'AACATGCCAAAGTA',...
'ATCATGCAAAAGGA'}
S =
1x3 cell array
{'ATTATAGCAAACTA'} {'AACATGCCAAAGTA'} {'ATCATGCAAAAGGA'}
Отображение логотипа последовательности.
seqlogo(S)
В этом примере показано, как отображать логотип последовательности для набора выровненных аминокислотных последовательностей.
Создать ряд выровненных аминокислотных последовательностей.
S2 = {'LSGGQRQRVAIARALAL',...
'LSGGEKQRVAIARALMN',...
'LSGGQIQRVLLARALAA',...
'LSGGERRRLEIACVLAL',...
'FSGGEKKKNELWQMLAL',...
'LSGGERRRLEIACVLAL'};
Отображение логотипа последовательности с указанием аминокислотной последовательности и ограничением логотипа позициями последовательности 2- 10.
seqlogo(S2, 'alphabet', 'aa', 'startAt', 2, 'endAt', 10)
[1] Шнайдер, Т.Д., и Стивенс, Р.М. (1990). Логотипы последовательностей: новый способ отображения консенсусных последовательностей. Исследования нуклеиновых кислот 18, 6097-6100.