seqdisp

Форматирование выходных данных длинной последовательности для удобства просмотра

Синтаксис

seqdisp(Seq) seqdisp(Seq, ...'Row', RowValue, ...) seqdisp(Seq, ...'Column', ColumnValue, ...) seqdisp(Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue, ...)

Аргументы

`Seq`	Нуклеотидная или аминокислотная последовательность, представленная любым из следующих: Символьный массив Строковый вектор Вектор символов, содержащий имя файла FASTA Структура MATLAB ® с полем`Sequence` Допускается умножение выровненных последовательностей. Файлы FASTA могут иметь расширение `fa`, `fasta`, `fas`, `fsa`, или `fst`.
`RowValue`	Целое число, указывающее длину каждой строки. По умолчанию: `60`.
`ColumnValue`	Целое число, указывающее ширину столбца или количество символов перед отображением пробела. По умолчанию: `10`.
`ShowNumbersValue`	Управляет отображением чисел в начале каждой строки. Варианты: `true` (по умолчанию) для отображения чисел или `false` чтобы скрыть цифры.

Описание

seqdisp(Seq) отображает последовательность в строках с длиной строки по умолчанию 60 и шириной столбца по умолчанию 10.

seqdisp(Seq, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования seqdisp с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

seqdisp(Seq, ...'Row', RowValue, ...) определяет длину каждой строки для отображаемой последовательности.

seqdisp(Seq, ...'Column', ColumnValue, ...) указывает количество букв, отображаемых перед добавлением пробела. RowValue должен быть больше и равномерно делится на ColumnValue.

seqdisp(Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue, ...) управляет отображением чисел в начале каждой строки. Варианты: true (по умолчанию) для отображения чисел или false чтобы скрыть цифры.

Примеры

Считывание информации о последовательности из базы данных GenBank ®. Отображайте последовательность в строках с 50 буквами, а в строке разделяйте каждые 10 букв пробелом.

mouseHEXA = getgenbank('AK080777');
seqdisp(mouseHEXA, 'Row', 50, 'Column', 10)

Создайте и сохраните файл FASTA с двумя последовательностями, а затем отобразите его.

hdr = ['Sequence A'; 'Sequence B'];
seq = ['TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN';'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN']
fastawrite('local.fa', hdr, seq);
seqdisp('local.fa', 'ShowNumbers', false')

ans =
>Sequence A
 1  TAGCTGRCCA AGGCCAAGCG AGCTTN
>Sequence B
 1  ATCGACYGGT TCCGGTTCGC TCGAAN

См. также

Представлен до R2006a

Документация