seqprofile

Вычислить профиль последовательности из набора последовательностей с кратным выравниванием

Синтаксис

Profile = seqprofile(Seqs) [Profile, Symbols] = seqprofile(Seqs) seqprofile(Seqs, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) seqprofile(Seqs, ...'Counts', CountsValue, ...) seqprofile(Seqs, ...'Gaps', GapsValue, ...) seqprofile(Seqs, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) seqprofile(Seqs, ...'Limits', LimitsValue, ...)

Аргументы

`Seqs`	Набор мультипликационных выровненных последовательностей, представленных любым из следующих:. Символьный массив Массив ячеек символьных векторов Строковый вектор Массив структур, содержащих поле `Sequence`
`AlphabetValue`	Символьный вектор или строка, задающая алфавит последовательности. Возможны следующие варианты: `'NT'` - Нуклеотиды `'AA'` - аминокислоты (по умолчанию) `'none'` - Без алфавита Когда `Alphabet` является `'none'`список символов основан на наблюдаемых символах. Каждый символ может быть любым символом, за исключением дефиса (-) и точки (.), которые зарезервированы для пробелов.
`CountsValue`	Управляет частотой возврата (отношение количества счетчиков к общему количеству счетчиков) или количеством счетчиков. Варианты: `true` (количество) или `false` (частота). По умолчанию: `false`.
`GapsValue`	Символьный вектор или строка, управляющая подсчетом промежутков в последовательности. Возможны следующие варианты: `'all'` - Подсчитывает все пробелы `'noflanks'` - Подсчитывает все промежутки, кроме тех, которые находятся на флангах каждой последовательности `'none'` - По умолчанию. Не считает пробелов.
`AmbiguousValue`	Управляет подсчетом неоднозначных символов. Войти `'Count'` для добавления частичных счетчиков к стандартным символам.
`LimitsValue`	Указывает, следует ли использовать часть последовательности. Введите a `[1x2]` вектор с первой позицией и последней позицией для включения в профиль. По умолчанию: `[1,SeqLength]`.

Описание

Profile = seqprofile(Seqs) прибыль Profile, матрица размера [20 (or 4) x SequenceLength] с частотой аминокислот (или нуклеотидов) для каждого столбца в множественном выравнивании. Порядок строк задается

4 нуклеотида - A C G T/U
20 аминокислоты - A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

[Profile, Symbols] = seqprofile(Seqs) прибыль Symbols, уникальный список символов, где каждый символ в списке соответствует строке в Profile, профиль.

seqprofile(Seqs, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования seqprofile с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

seqprofile(Seqs, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) выбирает нуклеотидный алфавит, аминокислотный алфавит или без алфавита.

seqprofile(Seqs, ...'Counts', CountsValue, ...) когда Counts является true, возвращает счетчики вместо частоты.

seqprofile(Seqs, ...'Gaps', GapsValue, ...) добавляет строку в нижнюю часть профиля (Profile) с учетом пробелов.

seqprofile(Seqs, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) когда Ambiguous является 'count', подсчитывает неоднозначные аминокислотные символы (B Z X) и нуклеотидные символы (R Y K M S W B D H V N) со стандартными символами. Например, аминокислота X добавляет 1/20 количество в каждом ряду, в то время как аминокислота B засчитывается как 1/2 на D и N строк.

seqprofile(Seqs, ...'Limits', LimitsValue, ...) задает начальную и конечную позиции профиля относительно индексов нескольких трасс.

Примеры

свернуть все

Расчет профиля последовательности

Открыть сценарий в реальном времени

Создать массив структур, представляющих множественное выравнивание аминокислот:

seqs = fastaread('pf00002.fa');

Верните профиль последовательности и список символов из положения 50-55 набора последовательностей с кратным выравниванием, подсчитывая все промежутки.

[Profile2,Symbols2] = seqprofile(seqs,'limits',[50 55],'gaps','all')

Profile2 = 21×6

    0.0312    0.0312    0.1562    0.4375    0.1250    0.2188
         0         0    0.3750         0         0         0
         0         0    0.0938    0.1562         0         0
         0         0         0    0.0312         0         0
         0    0.0625         0         0    0.0312         0
         0         0         0    0.0312         0         0
         0         0         0    0.1250         0         0
    0.0312         0    0.0625         0         0         0
         0         0         0         0         0         0
    0.4688    0.0625         0         0    0.3125    0.1562
      ⋮

Symbols2 = 
'ARNDCQEGHILKMFPSTWYV-'

См. также

Представлен до R2006a

Документация