Exponenta Banner
exponenta event banner

seqqcplot

Создание графиков контроля качества для данных последовательности и качества

свернуть все на странице

Синтаксис

seqqplot (источник данных)
seqqplot (источник данных, тип)
seqqplot (источник данных, тип, кодировка)
seqqplot (___, имя, значение)
H = seqqplot (___)

Описание

пример

seqqcplot(dataSource) создает фигуру с графиками контроля качества (КК) последовательности и данных качества из dataSource. Рисунок содержит следующие типы графиков контроля качества.

  • Рамочный график для среднего показателя качества в каждой позиции последовательности

  • Гистограмма для состава основы последовательности в каждой позиции последовательности

  • Гистограмма распределения среднего показателя качества последовательности

  • Гистограмма распределения содержимого GC

  • Гистограмма распределения длины последовательности

На рисунке можно щелкнуть на определенном графике, чтобы открыть его в отдельном окне.

пример

seqqcplot(dataSource,type) генерирует график контроля качества, указанный type.

пример

seqqcplot(dataSource,type,encoding) также задает формат кодирования базового качества во входном файле.

пример

seqqcplot(___,Name,Value) использует любой из входных аргументов в предыдущих синтаксисах и дополнительных параметрах, указанных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

пример

H = seqqcplot(___) возвращает дескриптор фигуры H выходного показателя.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Печать графиков контроля качества для статистики последовательности и данных качества из файла FASTQ.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq');

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Постройте только рамочный график среднего показателя качества для каждой позиции последовательности.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','QualityBoxplot');

Figure contains an axes. The axes with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line.

Постройте график данных качества последовательностей с минимальным средним качеством 25.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1657 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Постройте график данных последовательностей, имеющих минимальное среднее качество 25 и минимальную длину последовательности 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25,'MinLength',100);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1660 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Создайте графики контроля качества для данных качества, соответствующих подпоследовательностям от базовой позиции 10 до 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','BasePositions',[10 100]);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 543 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Входные аргументы

свернуть все

Информация о последовательности и качестве, указанная как BioMap объект, BioRead объект, символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, представляющих имена файлов FASTQ, SAM или BAM.

seqqcplot использует считанные данные качества вместо качества выравнивания, если указаны файлы SAM или BAM, a BioRead или BioMap объект.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Наименование генерируемого графика КК, указанное как одно из следующих:

Наименование участка контроля качестваОписание
'QualityBoxplot'Рамочный график для среднего показателя качества в каждой позиции последовательности.
'CompositionLine'Линейный график для базового состава последовательности в каждой позиции последовательности.
'CompositionBar'Гистограмма для состава основы последовательности в каждой позиции последовательности.
'QualityDistribution'Гистограмма распределения среднего показателя качества последовательности.
'GCDistribution'Гистограмма распределения содержимого GC.
'LengthDistribution'Гистограмма распределения длины последовательности.
'Summary'Сводная цифра, содержащая все доступные графики КК, за исключением 'CompositionLine' график. На рисунке также показаны значения пар имя-значение, которые использовались для создания графиков. Если пары имя-значение не указаны, вместо них отображаются соответствующие значения по умолчанию.

По умолчанию все доступные графики КК отображаются на рисунке как вложенные. Чтобы открыть отдельный вложенный график в отдельном окне фигуры, щелкните его.

Пример: 'QualityBoxplot'

Формат кодирования базового качества, указанный как один из следующих:

  • 'Sanger'

  • 'Solexa'

  • 'Illumina13'

  • 'Illumina15'

  • 'Illumina18'

  • 'Illumina19'

Пример: 'Sanger'

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальное пороговое значение среднего базового качества для каждой последовательности, указанное как числовой скаляр. Функция учитывает только последовательности со средним показателем качества, равным или большим порогового значения. Пороговое значение интерпретируется в соответствии с заданным форматом кодирования. По умолчанию: -Inf, то есть рассматривается любая последовательность.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальное пороговое значение длины последовательности, указанное как неотрицательный числовой скаляр. Функция рассматривает только последовательности с длиной, равной или превышающей пороговое значение.

Пример: 'MinLength',100

Базовый диапазон позиций для подпоследовательностей, заданный как двухэлементный вектор. Функция учитывает только подпоследовательности в указанном диапазоне позиций. По умолчанию: [1 Inf]то есть рассматривается вся длина каждой последовательности.

Пример: 'BasePositions',[5 50]

Выходные аргументы

свернуть все

Ручка к выходному рисунку, возвращаемая как ручка рисунка.

См. также

| | |

Представлен в R2017a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка