Количество вхождений слова в последовательности
seqwordcount(Seq, Word)
Seq | Символьный вектор или строка, содержащая нуклеотидную или аминокислотную последовательность. Можно также ввести структуру с полем. |
Word | Введите короткую последовательность символов. |
seqwordcount( подсчитывает количество раз появления слова в последовательности, а затем возвращает число вхождений этого слова.Seq, Word)
Если Word содержит нуклеотидные или аминокислотные символы, представляющие несколько возможных символов (многозначные символы), затем seqwordcount подсчитывает все совпадения. Например, символ R представляет либо G или A (пурины). Для другого примера, если word равняется 'ART', то seqwordcount подсчитывает вхождения обоих 'AAT' и 'AGT'.
seqwordcount не считает перекрывающиеся шаблоны несколько раз. В следующем примере: seqwordcount сообщает о трех матчах. TATATATA считается двумя различными совпадениями, а не тремя перекрывающимися вхождениями.
seqwordcount('GCTATAACGTATATATAT','TATA') ans = 3
В следующем примере сообщается о двух совпадениях ('TAGT' и 'TAAT'). B является неоднозначным кодом для G, T, или C, пока R является неоднозначным кодом для G и A.
seqwordcount('GCTAGTAACGTATATATAAT','BART') ans = 2
codoncount | seq2regexp | seqshoworfs | seqviewer | strfind